南京市中医院儿科，历史悠久，中医特色疗法出众，是江苏省中医药学会儿科专业委员会和南京市中医药学会儿科专业委员会挂靠单位，是南京中医药大学中医儿科博士点、中医儿科硕士点、中西医结合儿科硕士点。

儿科拥有多名临床经验丰富的专家人才队伍，运用中医、中西医结合疗法治疗儿科常见病、多发病及各种疑难杂病，特别对小儿哮喘、小儿反复呼吸道感染、小儿厌食、小儿遗尿、小儿性早熟、小儿矮小症、小儿佝偻病、小儿多动症和抽动症等疾病具有独特的治疗经验。

儿科开设了独立的儿童疾病中医治疗室，采用穴位贴敷、小儿推拿、小儿针灸等多种中医传统疗法，配合该科研制的内服制剂和外用制剂如：脐疗散、止汗散、遗尿散、腮贴等治疗儿童疾病，疗效确切。特别是开展的“冬病夏治”、“三九贴”、“小儿推拿”特色疗法，针对儿童哮喘、反复呼吸道感染、小儿过敏性鼻炎、遗尿症等疾病效佳价廉、无毒副作用，减少了患儿静脉输液及抗生素的使用，几十年来已经惠及众多儿童，在本市和周边地区具有非常高的知名度。