南京市中医院呼吸科，是南京市中医重点专科，江苏省呼吸内科专科联盟成员单位，江苏省中医呼吸专科联盟成员单位。现有医护人员25人，其中医师12人，包括主任医师3名、副主任医师4名，博士生5人，硕士生4人。该科拥有电子支气管镜、肺功能仪、呼出气一氧化氮检测仪、无创及转运呼吸机、多导睡眠仪、血气分析仪、振动排痰仪、除颤仪等设备，常规开展支气管镜、CT引导下经皮肺穿刺、无创正压通气等多种诊疗技术，并坚持中西医结合、中西医并重治疗呼吸系统疾病，包括各类肺部感染性疾病、慢性气道病（包括慢性阻塞性肺病、支气管哮喘、支气管扩张）、肺源性心脏病、间质性肺病、肺癌、气胸、胸腔积液和睡眠呼吸暂停综合症等。该科还承担对慢性咳嗽、肺结节及占位性病灶、发热待查、气喘胸闷待查等呼吸系统疑难病的鉴别诊断，以及重症肺炎、呼吸衰竭、急性大咯血和急性肺栓塞等呼吸危重病的抢救工作。针对肺小结节这一热门疾病，该科设有肺小结节专病门诊，并与影像科、胸外科、病理科和治未病科建立了肺小结节MDT诊疗模式，还联合科内中医专家专门研制了扶正消结膏（半月膏）。针对慢病呼吸病患者，该科专门设立了呼吸科门诊综合诊疗室，提供肺功能检测、呼出气一氧化氮检测（FeNO）、慢病随访和健康指导以及中医养生、冬病夏治穴位贴敷等慢病管理一体化服务。该科常规开展多导睡眠监测（PSG），使大量潜在的睡眠呼吸暂停综合征患者得以诊断。对于肺占位和肺癌患者，该科具备全面的诊治能力。通过气管镜、经皮肺穿刺活检和淋巴结活检获取病理组织进一步行基因检测；对确诊肺癌患者进行同步放化疗、分子靶向治疗、免疫治疗和中医中药治疗。该院自制的咳嗽合剂、桑杏合剂、杏桔合剂等多种中成药制剂和该科针对咳嗽研制的穴位贴敷方杏紫贴和麻辛温肺贴在治疗急慢性呼吸病方面均有良好疗效。该科坚持医、教、研并重。现承担江苏地区中医住院医师规范化培训、南京中医药大学、南方医科大学、澳门科技大学本科实习带教和南京中医药大学《内科学》、《中医内科学》授课任务。每年均开展多次市民健康讲座和电台医学科普宣传。近年来在医学核心期刊发表多篇论文。科室多人入选国家级和省市级中医、西学中人才项目。