妇女保健科是南京医科大学妇产科学博士点、硕士点，国家更年期保健特色专科，江苏省医学创新团队、江苏省妇幼保健重点学科；江苏省预防医学会妇女保健专业委员会及妇幼保健协会妇女保健分会主委单位，中法盆底功能障碍诊治技术合作中心，中国妇女盆底功能障碍防治项目质量控制中心以及妇科内分泌与妇科常见病培训基地。科室设立围产期保健、青春期保健、妇女病防治、更年期保健、妇女心理卫生、妇女营养、女性康复7个亚专科。妇女保健科医疗服务除常规的妇女保健门诊外，还开设妇科内分泌、青春期保健、更年期保健、妇女心理卫生、妇女营养、孕前和孕期过敏性疾病等特色门诊，同时提供多项保健相关项目，包括营养指导、运动干预，心理评估与咨询及女性康复等，为女性提供全生命周期的健康管理、医疗与健康促进服务。本科室现有主任医师5人，副主任医师5人，主治医师5人，其中教授1人，副教授1人，博士研究生导师1人，硕士研究生导师1人。本科室先后承担国家及省部级课题20余项，获全国妇幼健康科技三等奖4项，江苏省科学技术二等奖2项、三等奖1项，江苏省医学新技术引进二等奖3项，江苏省妇幼健康引进新技术一等奖4项、二等奖1项等多个奖项。