南京市第二医院消化科，为南京市消化病临床医学中心。消化科开展了包括食管、胃、肝脏、胆胰、肠道等各种消化系统常见病、多发病的专科和内镜综合诊断及治疗。重点针对肝硬化门脉高压引起的上消化道出血开展包括内镜、内科、介入、外科、ICU等多学科联动的综合诊疗，尤其在内镜治疗领域开展了内镜下胃曲张静脉精准断流术（ESVD)，结合套扎及常规硬化术，专科技术有一定水平。常规开展消化道早癌的内镜和内科综合治疗、胆胰疾病的ERCP综合诊疗。常规开展各种肝病诊治，针对不明原因黄疸的诊断及难治性黄疸及各型肝衰竭的临床治疗得心应手。特色医疗内镜中心目前配备有激光电子内镜、电刀、液闪式幽门螺杆菌（Hp）测试仪、胶囊内镜等，开展了多项内镜下诊疗项目，包括快速诊断幽门螺旋杆菌的呼气试验；常规、无痛、超细胃、肠镜检查及特殊染色内镜检查、胶囊内镜检查；常规开展消化道异物取出术、晚期肿瘤鼻空肠管放置术，消化道息肉摘除术；经皮内镜下胃造瘘术、经内镜逆行胰胆管造影（ERCP）、胆总管结石内镜下取出术、胆管支架置入、超声内镜等治疗，并积极开展新项目以满足患者不断提高的诊治需求。