南京医科大学附属儿童医院新生儿外科成立于1981年，是国内最早独立建制的新生儿外科专科之一，经过40余年的发展，专科现为国家临床重点专科建设单位、江苏省临床重点专科、南京市临床重点专科、南京医科大学重点学科，在国内享有较高的声誉。科室现有医护教职员工52名，其中医师15名，护士37名。医生中包括主任医师2名（教授1名），副主任医师5名；博士学位8人，硕士学位6人。博士研究生导师1人，硕士研究生导师4人。江苏省有突出贡献中青年专家1人，江苏省“333工程”高层次人才二、三层次各1人，南京市有突出贡献中青年专家1人。目前编制床位36张，年门诊量1万余人次，年出院2000余人次，年手术量超过1000余台次，床位数和工作量均居国内同类专科前列。

近十年来，学科在极低体重重症患儿的外科治疗方面取得重大进展，最小手术患儿体重仅700g。已将微创技术广泛应用于新生儿、低体重患儿，最小的腹腔镜手术患儿体重仅1000g。复杂疑难等四级手术占本专科总手术量的35%以上，治疗效果良好，在省内外享有较高声誉。对各种消化道畸形、胆道闭锁、胆总管囊肿、先天性巨结肠、先天性肛门直肠畸形、新生儿巨大肿瘤、短肠综合征等疾病的治疗具有丰富的经验。