南京市儿童医院消化科，为国家临床重点专科，承担着江苏省及周边地区小儿胃肠、肝胆、营养性疾病的医疗、教学、科研、预防等工作。经过近六十年的发展，已成为功能齐全的专科。

消化科是一支梯队合理、由博士后、博士、硕士组成的专科队伍。科室成员担任中华医学会儿科分会消化学组委员1人，感染学组委员1人，中华预防医学会微生态学会儿科分会委员1人；学科在江苏省牵头成立儿童消化专科联盟，学科带头人任江苏省儿科学会消化学组副组长；现有博士生导师2人，硕士生导师4人，主任医师7名，副主任医师5名，主治医师4名，住院医师5名，护士25名。

专业特色技术：各种小儿胃肠镜检查及内镜下治疗、内镜下止血术、食道静脉曲张套扎术、内镜下各种异物钳取术、内镜下息肉或肿块摘除术、内镜下经鼻空肠置管术、经皮胃镜下胃造瘘术、贲门失弛缓症的POEM治疗，ESD、ERAT、食管扩张、食管支架放置和取出，粪菌移植治疗，小肠镜检查及治疗、胃肠动力检测及食道24小时pH值测定，幽门螺杆菌检测、大便病原学检查、胃肠起搏治疗、开展小婴儿十二指肠引流术检查及小儿肝脏活检穿刺术等，一些项目在全国处于领先水平。