南京市儿童医院普外科，创建于1960年，是江苏省及南京市临床重点科室，中国手术部位感染预防示范基地及江苏省创伤救治联盟成员。科室现有主任医师7名，副主任医师4名，硕士生导师5名，博士生6名。普外科合计床位103张，并开设有难治性便秘专病门诊和小儿实体肿瘤专病门诊。

普外科属于在国内最早开展小儿腹腔镜技术的临床应用单位之一，首批开展单孔3D腹腔镜技术应用于小儿胆总管囊肿切除术、腹膜后肿瘤切除术、部分脾及全脾切除术、腹腔镜肝切除术等高难度、创新性的四级手术；率先在国内开展ERCP技术联合腹腔镜技术诊治儿童胆胰疾病。目前科室已形成了完善的五个亚专科方向：儿童胃肠、儿童肝胆、儿童肿瘤、儿童内分泌外科和儿童急诊重症。

普外科率先在国内进行了一系列创新性临床新技术应用和研究并发表多篇相关高分值SCI及中华系列文章。包括小儿胃肠方向的腹腔镜下骶前深隧道法治疗小儿先天性巨结肠及同源病及部分结肠切除术治疗儿童结肠脾曲综合征；小儿肿瘤方向的荧光定量吲哚菁绿介导下近红外光显影辅助肝母细胞瘤、肾母细胞瘤、神经母细胞瘤切除术；小儿内分泌外科方向的纳米碳示踪剂标记甲状腺肿瘤切除和淋巴结清扫手术及术中喉返神经电监测技术；小儿肝胆方向的ERCP技术联合腹腔镜技术诊治儿童胆胰疾病。

2016年普外科主体搬迁到河西后，总手术量、微创手术量、四级手术率逐年上升，2019年普外科微创手术总例数突破1000例，并直达1320例（对比2018年仅为919例）。2020年6月以普外科肿瘤组为主体的肿瘤中心在省内率先挂牌成立，为儿童恶性实体肿瘤提供了新的标准化一体化规范治疗。