南京医科大学附属儿童医院呼吸科创建于20世纪50年代，是江苏省儿科临床重点专科、国际标准化脱敏中心、全国儿童哮喘标准化门诊示范中心、儿科呼吸专业国家临床药物实验基地、国家儿科呼吸内镜医师培训项目合作单位。

科室学科专业团队力量雄厚，现有主任医师7名，副主任医师7名，博士研究生导师2名，硕士生导师3名，博士生7名，硕士生19名。科室多名医生有美国、英国、日本等知名高校医院访问学者经历。近年来科室多次开展多中心临床研究，培养本专业科研人才。近三年主持国家自然科学基金2项及其他的省级市级项目9项，目前参与全国多中心的GCP临床研究五项。发表数十篇SCI论文及中文核心期刊。研究内容获得了江苏省医学新技术引进奖，南京市医学新技术引进奖等多个奖项。

科室设立哮喘和过敏、疑难重症肺部感染、支气管镜介入、结核、肺间质性疾病和肺血管疾病、睡眠呼吸监测6个亚专业。开设哮喘过敏性疾病联合门诊，以呼吸科牵头，与耳鼻喉科、消化科和皮肤科等相关科室共同组建过敏诊疗中心，为过敏患儿提供一站式诊疗服务，同时提供先进的过敏性疾病诊治方法，如特异性免疫治疗及单抗类药物靶向治疗等。每年收治大量重症肺炎、弥漫性肺间质疾病等肺部疑难危重疾病，积累了丰富的临床经验。科室率先在江苏省内开展儿童纤维支气管镜检查术，拥有多种型号的儿童纤维支气管镜及电子支气管镜，已安全地为数千名从新生儿起各年龄组患儿进行了纤支镜术，开展经支气管镜下的冷冻治疗、氩气刀治疗及支架植入等，为儿童难治性肺部疾病的诊断及治疗提供了新的手段，被中华医学会儿科分会任命为“中国基层医生儿童支气管镜培训基地”。科室拥有亚洲第一台婴幼儿体描仪和ISO肺功能仪，能开展各个年龄段婴幼儿及儿童肺功能检测。在儿童结核的诊断与治疗方面，在20世纪80年代开设结核专病门诊，诊疗技术一直走在全国儿科的前列。还开展标准多导睡眠监测和便携式睡眠监测技术，服务于睡眠呼吸阻塞和暂停、皮罗氏综合征等多种疾病患儿。

呼吸科拥有设施齐全的专科病区两个，位于河西院区，病床数共计104张。在广州路本部及河西院区均开设专家门诊和普通门诊，包括有呼吸科门诊、哮喘呼吸专病门诊、过敏中心呼吸疾病门诊、哮喘过敏性疾病联合门诊、结核多学科联合门诊、睡眠呼吸障碍门诊、纤毛运动障碍门诊、呼吸科网络门诊等。门诊设有肺功能室、呼出气一氧化氮室和脱敏中心。年出院人数6000余人，门诊量20万人次。

学科高度重视人才培养和教学工作。科室是南京医科大学博士研究生和硕士研究生培养点，目前已培养硕士研究生一百余名，培养博士研究生十余名。现在读硕士26名，在读博士14名。科室为全国支气管镜培训基地，每年接收大量学员，为各个单位培育大批专业人才。依托南京医科大学的优势学科资源，构建了本科-硕士-博士的高层次人才培养体系和实习-进修-规培的临床实践教学模式。现为南京医科大学、南京大学、徐州医科大学等本科及专科院校的临床实习基地，规范、严谨的带教得到高校和学生的好评。还承担省内外儿科医师、护士的进修培训任务，年接收进修学习人员数十人。

科室已连续27年举办哮喘夏令营，围绕哮喘及过敏性疾病举办科普讲座。每年举行国家级继续教育学习班，针对儿童呼吸系统的新进展诊疗规范进行讲解，辐射全国，有较大的影响力。科室为全国支气管镜培训基地，每年接收大量学员，为各个单位培育大批专业人才。

在医院医联体建设推动下，科室积极完善呼吸科医疗服务网络建设，实现优质服务和技术下基层，先后在省内外多家医院成立分中心和专家工作室，多年来坚持每年组织“肺功能检查规范化培训万里行”活动，吸引多家基层医院参与，促进地区间医疗、教学、科研等方面的协同发展，最终使当地百姓在家门口即可享有三级医院同质化的诊疗服务。