南京医科大学附属儿童医院眼科成立于1981年9月，是南京市医学重点专科、南京市儿童青少年近视防控基地，江苏省儿童眼病防治基地，中国妇幼保健协会近视防控规范化培训单位。目前拥有医护人员57人，其中主任医师3名，副主任医师5名，主治医师8名，其中博士10名，5人有国外学习经历，硕士研究生导师1名，有1名学科带头人和6名专业方向明确的学科骨干。科室以先天性白内障手术、儿童复杂斜弱视治疗、先天性上睑下垂手术治疗、婴幼儿眼病筛查及干预、儿童眼视光、泪道疾病等小儿眼病的诊断及治疗为专科特色，医疗水平居省内儿童医院领先水平。现开设斜弱视专科门诊、先天性白内障门诊、泪道专病门诊、疑难屈光及角膜塑形镜门诊等专科门诊，年门诊量超20万人次，开放专科床位36张，年手术病人超2000人次。科室拥有眼科广域成像系统、玻璃体切割仪、蔡司手术显微镜、光相干断层扫描仪、角膜地形图仪、眼科光学生物测量仪等一大批先进设备，是中国妇幼保健协会眼科学与眼保健学分会副主任委员单位、中国医药教育协会儿童眼科专业委员会副主任委员单位、中华医学会儿科分会眼科学组委员、中国医师协会儿童眼健康学组委员单位，江苏省医学会眼科分会常务委员单位、江苏省妇幼保健协会儿童眼病防治分会主任委员单位。主持国家自然科学青年基金1项、江苏省自然科学基金项目2项，主持南京市科技局项目、南京市卫生局项目、南京医科大学科研项目各2项，获江苏省医学新技术引进奖2项，南京市医学新技术引进奖2项。参编专著6部。