内分泌科成立于1989年，江苏省最早成立的儿童内分泌专科，为首届江苏省小儿内分泌学组组长单位。现为江苏省临床重点专科，同时也是性腺发育异常和Prader-Willi综合征的定点诊疗中心。2012年拥有独立病区，2023年成立门诊内分泌中心。科室拥有一支技术精湛和责任心强的医护团队，现有专科医生16人，其中高级职称6人，中级职称9人，初级职称1人以及专科护士14人；硕士生导师1人。硕士学位10人，博士学位4人，在读博士3人。科室设有病房、专科门诊、专病门诊（糖尿病、甲状腺、遗传代谢和垂体疾病）和多学科联合门诊（糖尿病综合管理、性腺发育异常）。在省内率先开展胰岛素泵、动态血糖监测、垂体泵、性腺发育异常规范诊治和儿童糖尿病心理测评及干预等关键诊治技术。2017年，在院内首次获批临床GCP资质，已开展10余项国内及国际GCP临床研究。内分泌科长期担任南京医科大学儿科内分泌疾病的教学工作,多次在教学查房和教学演讲比赛中获奖。每年开展国家级及省级继续教学学习班。同时，开展了多项临床和基础研究，在儿童糖尿病、性早熟、矮小症及甲状腺疾病等研究达到国内领先水平。先后获得了国家自然基金项目4项以及市级课题多项，发表论文80余篇，其中SCI收录论文30余篇，参编书籍5本。内分泌科也重视社会服务和科普宣传，定期面向社会开展糖尿病和生长发育等健康教育讲座，并连续举办了23届糖尿病夏令营及冬令营。