南京医科大学第一附属医院针灸科，成立于1956年，是医院特色专科，技术力量较强。现有医护人员15人，其中高级职称10人，江苏省名中医、名中西医结合专家3人，博士后1人，硕士生6人，人才梯队结构合理。为南京医科大学教研室，中医内科学针灸专业硕士点。2001年确立为南京中医药大学针灸学国家中医药管理局重点学科共建单位，2002年为南京医科大学重点学科，2007年荣获全国综合医院中医药系统示范单位。

本科室包含江苏省人民医院本部门诊（包含普通号与专家号）、江苏省人民医院面瘫专病门诊、针灸助孕专病门诊；江苏省妇幼保健院针灸科门诊（普通号）、江苏省妇幼保健院小儿腹泻推拿门诊、针灸助孕、乳腺癌术后康复、产后减肥、产后尿储留、产后康复专病门诊；南医大生殖中心生殖助孕门诊；承担本部及河西妇幼分院门诊诊间诊疗及住院病人的会诊工作。针灸科本部设有8间诊室、32张治疗床，门诊日平均病人300人次，住院病人针灸治疗每年约5000人次，2007年门诊量达8万人次。

在诊治多种常见病与疑难杂症方面积累了丰富的经验与特色。作为江苏省最大综合性医院的针灸科，其诊治病种遍及临床各科，因对多种疑难病症的特殊效果而在省内外享有声誉。尤其是耳针疗法，其临床与研究处于全国领先地位。除医疗工作外，科室每年承担南京医科大学临床医学等到专业的大量教学工作。作为南京中医药大学国际针灸医师培训基地，自1976年以来，巳接受来自40多个国家和地区的600余名各国学员来科学习，同时科室选派多人前往美国、日本、葡萄牙、挪威、马耳他、马来西亚等地讲学和交流，加强了针灸在国际间的交往。

科室发表各级各类论文500余篇，编写著作20余部，完成与在研课题13项，为江苏省中医药领军人才单位（耳针研究）。全科分别在多个学术团体任职，有8人分别担任中国针灸学会及耳针专业委员会，临床专业委员会、腹针专业委员会、腧穴专业委员会的学术顾问、名誉主任委员、副主任委员、常务理事和理事。