桂林医学院第二附属医院病理科，成立于2015年，承担医院的临床、教学、科研任务。能够开展组织病理学诊断、细胞学诊断、术中快速冰冻诊断和院际病理会诊。病理科工作环境符合生物安全要求，各种病理专业技术设备配置齐全，常规开展了石蜡切片、快速石蜡切片、术中快速冰冻切片、特殊染色、免疫组织化学染色(100多种抗体)、分子原位杂交技术（FISH）和人外周血循环肿瘤细胞分型检测（CTCs）。除满足本院医疗需求外，还面向区内及桂北地区提供病理诊断服务。病理科配备有德国进口的Leica病理切片机，Leica自动脱水机、德国进口的Leica冰冻切片机、美国进口Lumats自动免疫组化机、安必平全自动液基细胞染色仪、Leica原位杂交仪、日本进口的Olympus显微镜及病理图文分析系统先进设备，直排式专业取材台、组织包埋机、大体照相及染色机设备等，能够开展临床病理和实验病理的诊断及基础研究工作。病理科是桂林市临床病理质控中心挂靠单位，现有病理医师11人，技术员9人；其中博士研究生导师1人，硕士研究生导师1人，博士3人，硕士5人。主任医师1名，副主任医师2名，主治医师2人，住院医师6人。病理科年组织病理诊断(活检、手术标本)量16000余例，细胞学诊断1000余例，术中冰冻近400例，院外会诊40余例，免疫组化检测20000余项次，液基细胞学诊断近4000例。同时承担多个专业和本、专科层次的医学生的实践教学任务。科室近五年承担国家自然基金3项、省自然基金2项和多项市厅级课题。发表论文30多篇，其中SCI收录论文10篇。