广东医科大学附属医院肛肠外科源自胃肠外科肛肠专业小组，形成以结直肠肛门疾病的诊断和治疗为特色，集医疗、教学、科研于一体综合发展的专业化科室。肛肠外科现拥有33张床位的独立病区，设肛肠专家门诊及普通门诊，年门诊量一万多人次；每年住院约2000人次，年手术量近1300人次。

科室具备科学化的人员结构梯队，医疗团队中博士生导师1人、硕士生导师2人；广东省杰出青年医学人才1人，广东省医师协会胃肠外科分会副主任委员1人；主任医师3人，教授1人，副主任医师1人，双师型人才1人；博士2人，硕士5人，本科2人。护理团队中副主任护师1人，主管护师3人，护师3人，具有国际认证的造口治疗师1人。

肛肠外科长期负责广东医科大学肛肠外科学研究生的培养工作，系广东省医师协会胃肠外科分会副主任委员单位，科室多位专家与科室技术骨干在广东医学会等专业协会及团体担任学术职务。科室具备医疗科技攻关的实力和技术含金量，科室人员曾主持国家自然科学基金2项，广东省自然科学基金1项，在国际知名杂志IntenationalJournalofCancer等发表多篇SCI论文。

肛肠外科目前开展常见病、多发病及疑难杂症的诊断及治疗，微创手术在粤西地区属领先地位。

科室能开展的手术有：结直肠癌的腹腔镜微创手术、机器人微创手术、经自然腔道取标本手术（NOSES）手术、直肠癌神经功能保护手术、直肠癌保肛手术；肛瘘挂线术；肛瘘拖线引流术；高位复杂性肛瘘切开挂线术；重度痔PPH术；痔RPH手术、TST手术；肛裂切除术；肛门侧切松解术；直肠前突经直肠修补术；肛管狭窄纵切横缝术或Y-V成形术；各种良恶性直肠肿物经直肠或骶尾部切除术，直肠脱垂Delorme术、Altemeier术，骶尾部藏毛窦Limberg皮瓣转移术，陈旧性重度会阴损伤重建术等。