香港大学深圳医院消化内科，自建院伊始即独立成科。在司徒伟基教授的带领下，现已建成了集医疗、教学、科研于一体的消化系统疾病（内科）中心。现为国家卫生部住院医生规范化培训亚专科中心、国家药品监督管理局认证的GCP（药物临床试验质量管理规范认证单位）中心亚专业组。也是深圳大学硕士研究生（临床型）培训专科，以及暨南大学博士研究生（临床型）培训专科，在2020年成为中国科学院深圳先进技术院博士后流动站的博士后合作培训实践基地。消化内科由专病门诊（包括消化门诊、肝病门诊、肠筛门诊和炎症肠病门诊）、专科病房、内镜中心组成。现有医生24名（含香港教授2名），其中正高职称5人，副高职称4人，博士学位6人，硕士学位14人，学科人才梯队合理，综合实力强。护理团队由护士长2名（分属专科病房与内镜中心），护士26名组成，人员稳定，具备丰富的专科护理经验，并开展了徒手空肠营养管置入等特色业务。消化内科精于消化道及肝胆胰腺常见病和多发病诊治，并牵头与急诊科、ICU、介入科和外科共同建立消化大道出血救治“绿色通道”，对于消化内科重点疾病各种病因急性胰腺炎诊治经验丰富、治愈率高。牵头组建炎症肠病多学科讨论小组（IBD-MDT），在深圳地区享有声誉，是广东省IBD联盟成员之一，且与全国各大IBD中心有密切联系。遵循国际指南治疗幽门螺旋杆菌，对于反复治疗无法根除者，进行幽门螺旋杆菌培养+药敏检测，选择有效抗生素，同时引进新型治疗方案，或者转诊香港玛丽医院治疗。依托深圳市肝病临床研究中心建设平台，针对胆汁淤积性肝病、疑难肝病，肝硬化及门脉高压症的诊治独具特色，跟从国际指南建议，倡导肝病治疗“减法”原则。对于慢性病毒性肝炎（乙型、丙型）紧跟国际指南引进新药，也是深圳市最早引进丙肝DAA治疗药物的医院。建立完整的乙肝病毒携带孕妇诊治、随访流程，与产科双向转诊共同协作，规范指导与监控妊娠合并乙肝孕妇的妊娠期与围产期的治疗，阻断乙肝病毒的母婴垂直传播。针对胆汁淤积性肝病和疑难肝病建立肝活检+病理诊断流程，牵头成立“复杂疑难肝病协作组”，共同决策病人整治方案，开展血浆置换和TIPS等治疗方案；对成人发病的遗传代谢性肝病患者，提供全外显子和WGS基因检测、家系调查，用药指导。科室现有国内一流的奥林巴斯290等内镜系统，是深圳市规模较大的内镜中心之一，年均内镜检查总量近2万台次，对内镜下治疗各种息肉、胃肠道早期恶性肿瘤、消化道出血、胆总管结石等有丰富的经验。建立“内镜早癌精查”流程、熟练地进行粘膜切除术、食管曲张静脉套扎术、食管胃底曲张静脉组织胶+硬化剂注射术、粘膜剥离术、食管支架置入术、胃镜引导空肠营养管置入术等内镜技术治疗消化道疾病。胶囊内镜与全小肠镜的应用为既往视为盲区的小肠疾病如不明原因消化道出血、小肠克罗恩病、小肠肿瘤等的诊断提供了良好的检查方法；此外还有Pentax超声内镜和奥林巴斯十二指肠镜，已经开展超声内镜下细针穿刺（Eus-FNA）和内镜下逆行胰胆管造影和乳头切开取石（ERCP+EST）等内镜四级手术。新近引进的新型Fibroscan仪器助力肝病临床精准诊断，协助肝纤维化的早诊早治。