香港大学深圳医院耳鼻喉科为外科系统其中一个临床学科。科室设置包括耳鼻咽喉科门诊、耳科门诊、鼻科门诊、咽喉门诊、头颈肿瘤专科门诊、耳鼻畸形修复门诊、过敏性鼻炎门诊、耳鼻喉头颈外科IMC门诊、普通住院病房及IMC病房。门诊设置诊室11间，拥有独立的检查诊断室、治疗室。目前科室拥有10套耳鼻喉综合治疗台，1台前庭康复仪，2套STORZ高清鼻内镜系统，5套XION内镜诊疗系统，PENTEX电子喉镜影像诊疗系统、LEICA显微镜系统、ZEISS显微镜系统。LUMENIS二氧化碳激光、低温等离子手术系统、MEDTRONIC耳鼻咽喉综合动力系统、STRYKER综合动力系统及纯音测听、中耳分析、耳声发射、ASSR、ABR等听力检查设备，VNG等前庭功能检查设备等等多项现代医学先进诊疗设备，为临床诊疗工作，新业务和新技术的开展及相应科研工作奠定了基础。专科常规开展鼻内镜手术、耳内镜手术、中耳显微外科、耳神经及侧颅底外科、喉显微外科、鼾症及头颈肿瘤手术，在肿瘤术后修复及畸形修复等方面具有很高的造诣，同时是国家住院医师规范化培训基地、医教科研同步发展。耳鼻喉科以内镜微创治疗、听力语言康复、眩晕康复等为主导。现已开展颞骨次全切除术、颞骨外侧切除术、FISCH颞下窝入路手术、激光人工镫骨手术、改良乳突根治及鼓室成形术、耳内镜鼓室成形及听骨链重建术、搏动性耳鸣乙状窦缩窄术等。鼻内镜下鼻腔泪囊造口术，鼻内镜下眶减压术，鼻内镜下鼻腔、鼻窦、鼻咽及前颅底恶性肿瘤切除术，支撑喉镜下喉显微手术及激光手术，小耳畸形矫正、鼻畸形修复、耳廓形态无创畸形矫正等。10年以来，借助香港医疗团队的先进理念及技术，开展了多项复杂手术术式，例如腓骨皮瓣重建双侧下颌骨、颈段食管癌切除后游离空肠重建食道、内镜下复发性鼻咽癌切除等，开展小切口及内镜涎腺肿瘤手术。与神经外科合作通过颅内搭桥抢救鼻咽癌大出血危急患者，与肿瘤科等科室开展多学科合作，为肿瘤患者指定最佳的科学个体化治疗方案。