香港大学深圳医院肝胆外科成立于创院伊始，始终致力于提供最高标准的临床服务。除临床常见的肝胆管结石病，提供全腔镜、胆管镜微创治疗外，为肝胆胰肿瘤患者提供包括手术切除、射频消融、放疗、介入治疗、靶向药物治疗及免疫治疗等全方位治疗手段。肝切除术连续六年保持术后30天内零死亡记录，5年生存率等指标均达国际先进水平。科室陆续成功施行并报道世界首例同期胰十二指肠切除术＋联合门静脉结扎肝脏离断的二步肝切除术（2014年），及华南首例经门静脉低温灌注下联合右肝肝静脉重建的左三肝切除术（2018年）等高精尖手术。所做工作报道在《中华肝胆外科杂志》及《Annalsofsurgery外科年鉴》等国内外权威期刊上。2016年，科室发起成立“肝癌精准治疗互助联盟”，并担任主委单位。2017年，荣获“院内优秀团队”。2018年，科室引进深圳市三名工程－香港大学玛丽医院卢宠茂教授卓越肝移植团队。2019年及2021年连续两届获得“广州日报推荐广东医院最强肝胆外科”。肝胆胰外科团队共有成员14人。其中常驻香港专家5人，均为香港玛丽医院肝移植团队成员。有住院部病区2个，住院固定床位60张。