深圳市妇幼保健院儿科，是一个集临床医疗、科研、教学的综合体。2013年7月成为广东省临床重点专科，2014年底成为国家级儿科住院医生规范化培训基地辅助单位（挂靠深圳市第二人民医院）。2018年引入儿科三名工程（华中科技大学同济医学院附属同济医院儿科罗小平教授团队）。是全国罕见病诊治协作网医院临床科室，多种疾病专病诊治联盟成员。

儿科设有儿科一病区、二病区（含PICU），儿科一门诊、二门诊，核定总开放床位78张，其中PICU15张。设置小儿内分泌、遗传代谢病、呼吸、重症、感染、消化、神经、免疫等8个亚专科，门急诊数量超过40万人次/年，病区近五年出院人数约5500人次/年。

儿科已经开展了儿童胃镜、结肠镜、纤维支气管镜、脑电图、肺功能检查、碳13呼气试验、渗透压检测以及多项内分泌功能试验等诊断技术和呼吸机、人工肾替代、支气管灌洗等生命支持和治疗技术。

近5年儿科承担省市级立项科研课题10余项；发表论文80余篇；举办或参与举办各级继续医学教育项目近20个。作为南方医科大学附属医院，儿科承担教学任务，有硕士研究生导师3人，指导老师1人。近5年共培养硕士研究生5人，在职研究生8人，带教本科生实习70余人/年；同时作为国家级儿科住院医生规范化培训基地，承担住院医生规范化培训任务，目前在培医生20余人。