北京大学深圳医院消化内科，是北京大学和汕头大学硕士研究生培养点，设有消化病诊疗室和胃肠动力检测室及内镜室。现有医护人员49人，其中博士6人、硕士10人：主任医师7人，副主任医师8人。目前科室门诊量、病床数与诊疗水平均位居全市前列。诊疗范围：对胃肠、肝胆胰等疾病满有着丰富的临床经验，抢救和诊治了大量的危重患者和疑难杂症，如上消化道大出血，肝性脑病，顽固性腹水，缺血性肠病，急性重型胰腺炎，食道良恶性狭窄，贲门失驰缓症，胃肠道恶性肿瘤 胆系结石等。消化内镜中心拥有多台套日本进口的内窥镜系统，包括电子胃镜、电子结肠镜、染色内镜(NBI)、放大肠镜、超声内镜、胶囊内镜、和小肠镜以及氩气刀等高端内镜治疗/手术设备。消化内镜诊疗人次及水平达深圳地区前列。开展特色技术如下：(1)内镜下胃肠息肉电切术、异物取出术；(2)胃肠黏膜染色或剥离活检诊断早期癌及癌前病变；(3)套扎、硬化、组织胶注射治疗肝硬化食管胃底曲张静脉出血；(4)内镜下胰胆管造影术(ERCP)与十二指肠乳头切开取石术(EST)、胰胆管狭窄、梗阻扩张和支架植入术；(5)气囊扩张或支架治疗食道良恶性狭窄；(6)早期癌内镜下粘膜剥离术(ESD)；(7)经口内镜下肌切开术(POEM)治疗贲门失弛缓症；(9)内镜粘膜下隧道肿瘤切除术(STER)治疗食管和胃粘膜下肿瘤；(10)生物反馈技术治疗顽固性便秘等。