妇女保健科自建院以来成立，目前设有东城总院和南城分院两个门诊部，常驻妇科门诊的医生共16名，其中主任医师3名，副主任医师3名，主治医师9名，医师1名。每年接诊人次总数超24万。

分设有普通妇科门诊、妇科内分泌门诊、更年期门诊、宫颈病专科门诊、生殖免疫门诊、计划生育门诊和门诊手术室。

普通妇科门诊主要诊治妇科常规病如生殖道感染、异常子宫出血、痛经、妇科肿瘤的筛查、早孕检查、先兆流产等。

妇科内分泌门诊、更年期门诊主要诊治多囊卵巢综合征、高泌乳素血症、子宫内膜增生、继发闭经、原发闭经、卵巢早衰、青春期月经病、更年期月经病、更年期管理、性早熟、青春发育异常、肾上腺皮质增生等疾病。2017年多名高职称医师参加北京世纪坛医院更年期/月经病多学科综合管理学习班后，开展了更年期一日门诊。2020年取得国家妇科内分泌诊疗能力建设单位称号，2020年10月30日正式成立妇科内分泌门诊。

宫颈病专科门诊主要诊治宫颈、下生殖道、肛周相关疾病，如阴道镜检查及镜下活检，宫颈LEEP手术、宫颈射频消融及电灼，阴道壁及外阴病变电灼，尖锐湿疣切除，外阴白斑的治疗、妇科无创伤综合治疗仪（臭氧冲洗+光疗）治疗生殖道感染等。2003年成立宫颈专科，有德国莱斯康光电一体阴道镜1台，最新飞利蒲电子阴道镜3台，妇科射频治疗仪1台等先进设备，承担全市“两癌筛查”中心的工作，2016年成为广东省妇幼保健院宫颈疾病防治中心---东莞分中心。常年为基层培养阴道镜专业医生，指导宫颈疾病规范化的诊治。

生殖免疫门诊主要为生殖免疫性疾病患者提供，遗传、解剖、内分泌、血栓前状态、同种免疫、自身免疫、感染等各种病因的检查和治疗。诊治范围包括复发性流产、试管婴儿或促排卵怀孕后妊娠丢失、反复试管婴儿-胚胎移植失败、反复生化妊娠、免疫性不孕不育、生殖免疫性疾病（抗磷脂综合征、系统性？红斑狼疮、干燥综合征等）、生殖内分泌疾病（多囊卵巢综合征、高泌乳素血征、胰岛素抵抗等同时合并不孕不育）、易栓症（高同型半胱氨酸血征、抗凝血酶原III抗原缺乏、血浆蛋白C缺乏、血浆蛋白S缺乏）等。我院于2009始开展复发性流产专科门诊，2016始更名为生殖免疫门诊，2018年取得了中国妇幼健康生殖免疫专科联盟的资格，2021年取得广东省生殖免疫与内分泌专科联盟的资格。

计划生育门诊和门诊手术室主要诊治早期人工流产、稽留流产、不全流产、上环、取环、异常子宫出血诊刮、宫腔镜检查、宫腔镜下取活检，内膜息肉除术、宫腔轻度粘连分离术等，每年开展无痛手术（宫腔镜、计划生育手术）超过9000例。2015年参加并通过全国PAC项目评审，在东莞率先被评为“PAC优质服务示范医院”，2019年获得“PAC培训基地”。2020年评为“PAC长效避孕培训基地”。2021年5我院的高级咨询师骆玥瑜，在全国PAC咨询大赛上赢得冠军和最佳辩手奖。我院的PAC是全国优秀的培训基地。