何贤纪念医院普通外科（肝胆疝外科/外二科）是医院的重点发展学科，主要包括肝胆外科、疝外科、小儿外科、胸外科、胃肠外科及血管外科专科。设置床位54张，共有医生11人，其中主任医师2人，副主任医师1人，主治医师6人；硕士研究生学历6人(在读研究生3人).专科医生曾先后赴香港大学威尔斯亲王医院、解放军总医院（301医院）、湘雅二院、北京儿童医院、北京朝阳医院、复旦大学附属肿瘤医院、南京军区陆军总医院、北京大学附属肿瘤医院、广东省人民医院、广东省中医院等医院进修学习。
普通外科专科年门诊量1万余人次，出院病人2000余人次。年完成腔镜各类手术近2000例，2014年首批取得广东省普通外科四级内镜技术资质医院。
一、专科特色
肝胆外科、疝外科专业组，是普通外科下辖的三级学科，专门从事肝胆外科、疝和腹壁外科、小儿外科疾病的规范化治疗，腹腔镜微创手术是主要的手术手段。肝胆外科自1998年完成第一例腹腔镜下胆囊切除术以来，大力发展微创技术，治疗各种肝胆外科常见疾病，10多年来已完成包括肝胆道结石微创治疗，腹腔镜下肝癌切除，胰腺各种良恶性肿瘤切除，肝硬化门脉高压疾病的外科治疗，脾脏外科手术及腹部外科常见急症的微创手术数千台，深受患者好评。
小儿外科作为全番禺区唯一的小儿外科专业组，承担全区儿童外科疾病诊治的艰巨任务，历经20余年发展，已经成为一个成熟的专业品牌。
胸外科在全区率先开展胸腔镜微创手术，包括胸腔镜下肺大泡切除，肺癌根治术，食道癌根治术，手汗症的微创治疗，效果良好。
二、科研教学
科室承担南方医科大学及广州医科大学本科临床教学，平均每年接收实习生教学50余人.举办国家级医学继教项目2项，市级继教项目3项。在科研工作上，获广东省级科研立项3项，番禺区科研立项4项，30余篇论文在国内外核心期刊上发表，其中在SCI数据库收录的杂志上发表论文3篇。
胃肠血管外科是何贤纪念医院首批重点发展专科，是本地区专业治疗胃肠、肛肠疾病及血管疾病的专业学科，2014年首批获得广东省普通外科四级内镜技术资质医院资格。本专科现共有专科医生6人，包括主任医师1人，副主任医师1人，主治医生3人，住院医师1人，其中硕士研究生2人，在读研究生2人，各专科医生均先后于中山大学附属肿瘤医院胃肠外科、上海复旦大学附属肿瘤医院胃肠外科、南京军区陆军总医院胃肠外科及肛肠血管外科、北京大学附属肿瘤医院胃肠外科及血管外科、北京朝阳医院胃肠外科及血管外科、广东省中医院肛肠外科进修学习。
胃肠及血管外科常规开展以微创手术治疗为特点的各项技术服务
1、腹腔镜下胃癌根治术、结直肠癌根治术，目前已超过500余例；
2、腹腔镜下胃肠间质瘤、胃肠息肉、憩室等良性肿瘤手术；
3、番禺地区率先开展腹腔镜下阑尾切除术及胃肠穿孔修补术，总病例数已超过2000余例，妊娠合并阑尾炎行腹腔镜下手术治疗已超过50例；
4、腹腔镜下肠粘连松解、肠扭转及内疝复位手术。各种微创手术因疼痛少、美容效果好、恢复快等优点深受广大患者欢迎。
肛肠外科开展微创治疗及硬化剂注射技术，诊治范围包括：痔疮、肛裂、肛瘘、肛周脓肿、肛周炎及直肠脱垂等。已开展内痔PPH术达1200余例，内痔套扎+硬化剂注射治疗，肛周脓肿一次性根治术，复杂性肛瘘分段切开及挂线术，直肠脱垂行直肠粘膜环切术+硬化剂注射治疗，肛周炎行肛周神经阻滞等，率先开展镇痛泵治疗及全程无痛管理。
血管外科在本地区率先开展了大隐静脉曲张微创硬化剂注射术，可门诊行全身体表血管瘤、各种囊肿手术，无需麻醉，术后无瘢痕，患者疼痛少、恢复快。