广州医科大学附属第三医院儿科，早在1923年即独立设科，经多年的建设，其技术水平、服务质量在市民中享有良好声誉。儿科紧随国内外本学科专业领域的最新发展动向，不断加强学科建设水平并取得突出成绩，为首批国家新生儿围产期医学专科医师培训基地、全国新生儿科医师联盟常务理事单位、广东省重点学科（学科方向）、广东省临床重点专科、广东省重症新生儿救治中心、广东省新生儿专科护士培训基地、国家级住院医师规范化培训基地、广州医科大学临床重点专科、广州医科大学附属第三医院重点学科以及广东省四星级青年文明号等。作为广州医科大学临床教学基地，2004年起开设儿内科硕士研究生培养点，承担本科、研究生临床教学、规范化住院医师培训、规范化专科医师培训。儿科现有技术人员147人，包括高级职称10人、中级职称35人，硕士研究生导师6人。其中具有博士学位/学历6人、硕士学位12人。学科带头人崔其亮教授在国家级及省市级多个学术团体担任多项重要职务，科室内中青年业务骨干40余人次在各级学术团体任职。每年接收来全国各地医院的专科进修医务人员数十人；主办继续医学教育项目2项/年、各类专题学术研讨会多期，每年培训数百名医务人员，迄今学员遍布全国20余省市自治区。学科带头人和专业骨干中有2人担任国家级专科学会委员或副主委，6人担任省级专科学会委员、常委、副主委等，2人担任多种国家级和省级专业期刊的编委。近5年来获各级科研立项共12项，发表论文50余篇，其中SCI收录7篇。研究成果获广东省科学技术进步奖三等奖、广州市科学技术进步奖二等奖各1项；获省级等教学课题立项8项。儿科含儿科门诊、儿科急诊、普通儿科病房、新生儿科病房、儿科日间病房、儿童生长发育专科、儿童康复治疗部等部门。儿科门诊除普通门诊、专家门诊外，并开设有儿童保健、儿童生长发育、儿童营养、小儿康复、遗传内分泌、呼吸、身高测评管理、儿童消化等专科门诊。门急诊年诊治人数超过10万人次。儿科病房设有呼吸、神经康复、综合儿科、小儿重症监护病房（PICU）、新生儿重症监护病区（NICU）、高危新生儿监护病区、普通新生儿病区等专业组（区）、儿科日间病房。以危重症新生儿救治、高危儿早期评估与干预、呼吸系统疾病、遗传代谢病与生长发育等为重点研究方向，在超低/超未成熟儿救治、脑发育与脑损伤、肺发育与肺损伤、早产儿营养与生长发育、小儿神经康复等专业领域开展了卓有成效的临床与科研工作，努力实现高危儿的“家庭-专科诊疗-社区卫生机构-教学机构”的健康管理体系，具有较高的专业、专科建设水平。年出院患儿3000余人次。各种抢救、监护、生命支持及相关研究的现代化技术设施齐备。新生儿科是首批国家新生儿围产期医学专科医师培训基地、全国新生儿科医师联盟常务理事单位、广东省临床重点专科、广东省重症新生儿救治中心、广东省新生儿专科护士培训基地，新生儿科的临床、科研工作进入全国先进行列，特别是在危重新生儿救治、早产儿综合管理专业领域取得了突出成绩，包括成功救治并通过出院后的积极随访、干预具有良好预后的一批出生体重600g-700g、胎龄23-25周的超早产儿。在本专业领域有较大的学术影响力，达国内先进水平。儿童生长发育专科为广州医科大学临床重点专科。儿童保健康复专科对早产儿及其他曾患有各种危重病症小儿开展了系统的出院后综合管理，2014年在省内率先开设智护家长学校，有效地开展高危新生儿出院后的生长与神经行为发育的早期监测、早期判断与早期干预，促进其正常生长发育方面，提高生存质量。代谢内分泌专科开展矮小症等病变、呼吸专科开展小儿呼吸功能评估及纤维支气管镜等专科诊治项目。