上海市中医医院肛肠科，创建于1957年，是上海地区最早建立中医肛肠专科的医院之一，为上海市中医药学会第十届肛肠分会主任委员单位，世界中联肛肠病专业委员会副主任委员单位，肛肠专业新药临床试验(GCP)基地，中国肛瘘诊疗联盟副主任委员单位，上海市中医优势专科及专病(混合痔)培育项目单位。现有床位40余张，专科门诊诊室两间，专科手术室1间，科室有2名主任医师，6名主治医师。其中博士1人，硕士5名。科室优势病种包括混合痔、肛瘘、肛周脓肿、肛裂等疾病，创新性提出悬吊黏膜下痔切除术治疗环状混合痔的手术理念，疗效显著，获上海市中医药学会科技成果三等奖。术后多采用生肌散、黛柏散、红油膏纱条、金黄膏、黛柏膏及中药外洗方促进创面愈合、院内制剂外科一号方(芩蓟凉血合剂)清热凉血通便，副作用小，疗效显著。门诊多以中医中药治疗顽固性便秘、炎症性肠病(溃疡性结肠炎、克罗恩病)、肛周并发症、骶尾部蜜瘘、结直肠良性肿瘤、肛门直肠痛、肛周瘙痒症、结直肠病术后调理及其他肛肠疑难杂症。积极开展三维超声、肛周磁共振、肛门测压、生物反馈及神经电生理等辅助技术，医疗技术水平不断提高，中医肛肠特色鲜明，在上海具有一定的影响力辐射江浙周边地区。