上海市儿童医院呼吸科是我国最早成立的儿童呼吸科专业的科室之一，是我国儿科呼吸领域的临床、科研和疑难病诊治中心。2009年成为院重点建设学科，同时是上海交通大学儿童呼吸道感染性疾病诊治中心及儿童哮喘诊治分中心，是儿科呼吸专业国家临床药物试验基地。上海市儿童医院呼吸科拥有设施齐全的独立专科病区(床位两院共计85张)；专科门诊包括普通专科、专家专科、特需专科和哮喘与咳嗽专病门诊，可以满足不同的需求。呼吸科拥有目前各种国内外先进诊疗设备和设施，如儿童支气管镜检查室、肺功能室、呼出气体一氧化氮（FeNO）、特异性免疫治疗室、中心雾化室等，能够保证各类儿童呼吸道疾病得到最有效的诊治。上海市儿童医院呼吸科拥有一个经过严格呼吸专业培训的团队。多年来承担了多项国际和国内重大科研项目。承担了住院医师规范化培训、上海交通大学医学院本科和研究生的培训，有着丰富的临床、教学和科研能力。科室近年来多次开展多中心临床研究和转化医学研究，培养本专业科研人才。完成儿童肺功能正常预测值的测定，“中国儿童慢性咳嗽治疗现状”第三届中国科协优秀科技论文遴选计划。完成《青少年百日咳血清学多中心研究》、难治性支原体肺炎相关研究，规范和统一难治性支原体肺炎定义，初步确定了难治性支原体肺炎中LDH和IL8作为重症和难治性支原体肺炎的早期生物标记物；研究发现支原体耐药基因，并在难治性支原体肺炎的治疗方面通过近2年临床经验性治疗总结，已就分级治疗达成初步共识。陆权教授、董晓艳教授等牵头执笔多篇儿童呼吸道疾病的诊疗指南，包括《儿童社区获得性肺炎诊疗规范（2019年版）》、《儿童腺病毒肺炎诊疗规范（2019年版）》、《中国儿童慢性湿性咳嗽的诊断与治疗专家共识》、《氨茶碱在儿童安全合理使用的专家共识》等。申请了上海市卫生健康委员会的课题《难治性肺炎支原体肺炎内外合治方案的临床研究及推广》、上海市中医药管理局课题《中西医结合治疗在儿童肺炎支原体肺炎中的应用》。建立了重症肺炎患者档案库、难治性哮喘的基因库、闭塞性细支气管炎患者档案库、疑难病基因库，采用电子病例建档和资料收集，进行慢病管理。率先开展一些新技术如病原学检测（多重PCR）、动态肺功能、肺体描仪检测、注射奥马珠单抗等。近年来科室多次组织和参与国内外多中心研究项目，如亚洲细菌耐药监测网的国际多中心研究共3项（亚洲侵袭性肺炎链球菌对临床影响、亚洲国家耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的流行病学和对临床影响、在疫苗时代肺炎链球菌对亚洲的影响及负担）、儿童慢性咳嗽病因构成比全国多中心调查、匹多莫德用于儿童反复呼吸道感染的临床试验等。而且呼吸科积极开展跨国界、跨地区的合作，包括与美国辛辛那提儿童医院、弗吉尼亚理士满儿童医院、波士顿儿童医院及加拿大多伦多儿童医院等多所著名的儿童医院的长期交流和合作项目。我们也积极参与到医联体和桐乡、云南等基层医院的建设，与儿童医院的多家医联体单位建立双向转诊和远程会诊互相协作。科室主要特色：1、小儿各种常见呼吸系统感染性和过敏性疾病的诊断与治疗。2、各种复杂性、难治性呼吸系统感染性疾病的诊断与治疗，如：肺炎链球菌感染、金黄色葡萄球菌感染、真菌感染、结核杆菌感染、肺炎支原体（衣原体）等引起的呼吸系统感染性疾病。各种病毒如：EB病毒、单纯疱疹病毒、“手足口病”病毒、“禽流感”病毒、“甲流”病毒等引起的重症肺炎。各种原因所致的脓（气）胸、胸腔积液、肺脓肿，以及各种肺实变、肺空洞、坏死性肺炎、纤维化等。在对不同病原微生物的引起的发热、影像学变化等有独到的认识。在肺实变和肺空洞的研究方面处于国内领先地位。在“抗菌素”的精准应用方面有深刻的认识与运用经验。3、小儿支气管镜介入技术诊断治疗复杂、危重的呼吸系统疾病。运用包括支气管镜技术在内的多种技术对各种肺炎肺实变（纤维化除外）、痰液（栓）阻塞、（支）气管狭窄变形闭塞的介入等治疗，有独创优势。4、小儿咳嗽、哮喘及过敏性疾病诊治和长期随访。我们开展的肺功能、呼出气体一氧化氮（FeNO）检测技术，观察治疗反应和治疗效果，及时调整治疗方案和治疗方向。5、小儿先天性支气管（肺）发育异常的检查与诊治。6、小儿肺间质性疾病和肺血管疾病诊治。