上海市同济医院病理科是同济医院特色学科，是上海市医师协会第二届病理科医师分会会长单位，上海同济临床病理联盟主委单位，上海市医学会普陀区病理学组、普陀区病理远程会诊中心、普陀区病理临床专业质量控制小组组长单位。病理科于2021年6月15日获得CNAS颁发的ISO15189医学实验室认可证书，是全国医院病理科第十一家、上海市第二家通过CNAS认可的病理科（医学实验室）。近年病理科在医教研诸方面都取得了长足的进步。2019年医院病理科与上海芯超合作共建了“上海同济临床病理与分子诊断中心”和“上海分子医学工程技术研究中心同济分中心”，使病理科的发展进入快车道。通过资源整合、医研并举，平台共享，达到合作共赢、引领发展的目的，力争在精准诊断和个体化医疗的医革大潮中发挥病理科更大的作用。病理科理念：病理学科，医之根本；宏观微观，“镜艺”求精。医疗特色病理科形成胸部疾病、消化、淋巴造血、乳腺和女生殖系统疾病四个亚专科病理方向，在呼吸和纵隔病理诊断上形成专科病理诊断特色，特别是在肺和胸膜肿瘤、间质性肺疾病（ILD）、结核病和结节病、职业性肺病等疾病的诊断上处于国内领先水平。年组织病理诊断5万例、细胞学诊断3万例。开展免疫组化、特殊染色、肿瘤诊断和靶向治疗的分子病理学检查（FISH、基因重排、微卫星不稳定性分析、一代测序、NGS）、肿瘤细胞药敏试验、病原微生物分子检测（EB病毒原位杂交、NGS）等项目。国际上首创诱导痰结合投射电镜无创诊断肺泡蛋白沉积症；国内率先开展冷冻肺活检诊断疑难性肺疾病；承担全国各地疑难呼吸病的会诊。教学成果承担同济大学“病理学”、“临床病理学”、研究生“高级病理学”教学，培养博士和硕士研究生10余名。是全国住院医师规范化培训病理专业基地和上海专科病理医师规范化培训基地，也是哈尔滨医科大学和齐齐哈尔医学院定点实习基地。科研成果6人次获国家自然科学基金课题立项，主持省部级以上课题20余项。