上海长海医院眼科，成立于1949年，曾涌现出林文秉、杨德旺、计尚年等对中国眼科发展有卓越贡献的著名专家。近年来长海医院眼科在原有的基础上不断发展，目前是博士学位授予学科、住院医师规范化培训基地，国家药物临床试验眼科专业组。上海长海医院眼科医疗设备先进、亚专业分类齐全，逐渐形成了以眼外伤、眼底病及屈光不正微创治疗为特色的学科方向。科室总面积约2800平方米，包括眼科病房、门诊、急诊、屈光外科中心、眼科教研室和实验室等。科室师资力量雄厚、教学资源充足，有8人在全国、全军及上海市担任多项学术任职。科室承担临床5年制本科、8年制博士生、外训生、轮转基地规培生、硕士及博士研究生等教学任务。教学硕果累累，为校教学先进集体，临床教学和外训教学先进单位。有多名教员被评为各级教学名师和优秀教师，包括全军育才银奖1名、上海市育才奖1名、第二军医大学校A级教员4名。曾获得国家卫生部优秀多媒体成果一等奖1项、上海市电化教育多媒体软件一等奖1项、校教学成果三等奖等各类奖励、承担国家、校、院等教改课题多项。科室承担国家科技重大专项1项、国家自然科学基金7项、全军专项基金1项、上海市基金6项。曾获军队科技进步一等奖1项、二等奖1项，三等奖2项、军队医疗成果三等奖1项及其它各类奖励9项。科室拥有微切口同轴扭动白内障超声乳化仪、微创高速玻璃体切割机、波前像差引导准分子激光机、飞秒激光机、多波长激光机、532倍频眼内激光机、光学相干断层扫描仪、眼科光学生物测量仪、角膜地形图分析仪、视网膜脉络膜荧光血管造影仪、眼底照相机、A/B超声诊断仪、自动视野仪、非接触眼压计、电脑验光仪等多种进口先进检查治疗设备。开展微切口白内障超声乳化术、青光眼术、微创玻璃体切除术、视网膜脱离复位术、激光角膜屈光术、眼整形术、眼眶肿瘤摘除术、复杂性眼外伤修复术、老年黄斑病变眼内注药术及微创泪道逆行置管术等高新技术，逐步形成了眼外伤急救、视网膜病变诊治和眼屈光治疗的学科特色，使大量疑难危重眼病患者重见光明，取得了优良的治疗效果，深受患者信任和好评。获得2001年院先进科室，2002年、2009年校基层建设先进科室，2002年院先进党支部，2003年院学科人才建设临床特色技术专项学科，2009年院医德医风优胜科室等荣誉。