上海交通大学医学院附属同仁医院中医科作为上海市“达标中医科”，是上海中医药大学针推学院国家重大合作项目临床基地。中医腰椎间盘突出症联盟成员，上海市中医肛肠病诊疗联盟成员。中医科下设中医内科、针灸科、骨伤科、肛肠科、推拿科、中医妇科等亚学科。现任中医科主任袁萍，有医师18名，其中主任医师2名，副主任医师5名，博士生3名、硕士生13名。医疗特色针灸科学科带头人袁萍主任，针灸推拿学博士，名中医学术经验继承人。具有独特的中医诊疗特色。跟随国医大师孙申田教授学习，师从上海市名中医东贵荣教授、针灸名家陈进法教授学习。有较为丰富的临床经验，倡导“治未病”理念，致力养生延衰的研究，应用头穴透刺治疗常见病，子午流注针法治疗疑难病。擅长脑血管病的康复，针药结合治疗中风、面瘫、帕金森病、失眠等脑血管疾病。针灸科与我院妇产科合作，致力于产后康复的中西医结合临床研究，针药结合治疗尿失禁、盆底肌痉挛、痤疮、黄褐斑、盆腔炎、月经不调、更年期综合征、卵巢早衰等疾病。针灸科与呼吸科协作，开展中西医结合呼吸系统疾病的治疗，冬病夏治三伏贴、三伏针，服务于慢性咳喘疾病患者，冬季膏方调理治疗肺结节病，提高患者免疫功能。以针灸戒烟为特色，制定个体化治疗方案，广受患者好评。针灸科为满足不同患者的需求，开设中医美容门诊，应用糖针，活血通络促进面部沉积的脂肪代谢，以达到瘦脸的目的。开展痤疮，黄褐斑面部年轻化针灸治疗，面部推拿治疗。穴位埋线，治疗单纯性肥胖及脂肪肝。中医骨伤科与骨科合作，应用多种针刺技术治疗颈椎病、腰椎间盘突出症、肩周炎、膝骨关节炎等疼痛的急慢性发作。中医内科学科带头人陈越主任，是长宁区名中医。曾先后师从全国名老中医何立人教授；上海名老中医徐振晔教授，并为明代御医凌云十六代嫡传凌耀星教授入室弟子。擅长肿瘤术后的中药治疗，内科常见病、多发病及疲劳综合症的调理。肛肠科李丽主任团队，擅长混合痔、肛裂和低位单纯性肛瘘等常见肛肠病的治疗，受到患者的广泛欢迎。科研教学主持和参与国家自然基金、上海市科委、上海市卫健委、长宁区卫健委等科研项目20余项。获得国家发明专利2项。承担蚌埠医学院、吉林医学院本科生教学任务。