上海市胸科医院呼吸内科，是以肺部疾病的鉴别诊断、肺癌多学科综合治疗为特色的集医、教、研为一体的学术型科室。科室拥有床位172张，临床医师40名，设有呼吸内镜室，肺功能室，日间化疗病房，普肺及呼吸介入亚学科。年入院患者超过17000例，门诊量逾17万。

科室是上海交通大学重点学科、卫生部呼吸内镜培训基地、卫生部专科医生培训基地。共有博导2人，硕导8人，主任、副主任医师21人。博士20人，82%具有研究生以上学历。与美国耶鲁大学肺癌中心合作，中捷合作成立肺癌免疫治疗示范中心。连续七年成功举办“国际肺癌诊治和呼吸内镜大会”。

科室近5年课题资助40余项，其中国家级数10项。承担科技部重大专项“国产电磁导航系统的早期肺癌精准诊疗技术研究”、上海市卫生系统联合攻关项目“早期肺癌社区筛查”等重大课题。发表论文综述300多篇，获中华医学科技进步二等奖、上海市医学科技进步二等奖。开展药物临床试验50余项，积极参与并设计了数十项国际合作中国的抗癌新药临床试验。