北京中医药大学东直门医院东区（通州院区）眼科组建于1958年，是集中、西医结合于一体，同时集医疗、教学、科研于一体的临床科室，是我国较早中西医结合眼科临床、科研及教学基地之一。是北京市“十二五”重点专科、北京市“十三五”重点专科区域医学中心、全国眼视光联盟理事单位、白内障中心、近视防治中心、青光眼中心、中医适宜技术中心。
眼科目前拥有固定床位25张。拥有先进、完整的医疗设备，如裂隙灯显微镜、直间接检眼镜、电脑验光仪、非接触眼压计、视野仪、眼科AB超声仪、眼前节照相、眼底彩照、眼底荧光造影仪、光学相干断层扫描仪(OCT、OCTA)、眼激光治疗仪、白内障超声乳化仪、玻璃体切割机、眼部超声雾化及中药熏治机等。
目前可开展各类眼科手术，如眼外伤整形修复术;眼睑肿物切除术;睑内、外翻矫正手术;上睑下垂矫正术;翼状胬肉切除+自体结膜角膜缘干细胞移植术;角巩膜裂伤清创修补术;角膜异物取出术;超声乳化白内障吸出折叠式人工晶体植入术;小切口白内障囊外摘除加人工晶体植入术;二期人工晶体植入术;人工晶体植入治疗高度近视;白内障青光眼联合手术;各种抗青光眼手术及难治性青光眼手术：如小梁切除术、非穿透性小梁手术、虹膜周切术、睫状体冷凝术;玻璃体切割术等。
北京中医药大学东直门医院东区（通州院区）眼科日门诊量300余人次，年手术量3000余例。现有主任医师8人，副主任医师3人，主治医师12人，住院医师2人。其中硕士生导师6人，博士5人，硕士8人。护士16人。