北京航天总医院儿科已有50余年历史，目前有一个独立的儿科综合门诊区、一个专用输液大厅和一个住院病区，有28张病床。现有医生15名，护士20名。

儿科分新生儿专业和小儿内科专业两个专业组。新生儿专业组每年住院收治的新生儿患者达300人次以上，在新生儿重度窒息伴多脏器损害、新生儿缺氧缺血性脑病、新生儿高胆红素血症、ABO溶血病、早产儿静脉营养等方面已达到北京市先进水平。

小儿内科专业组除了擅长治疗呼吸道感染、消化系统疾病、特发性血小板减少性紫癜、过敏性紫癜、儿童糖尿病、急性肾小球肾炎、肾病综合症、传染性单核细胞增多症等儿科各种疾病外。

还对急性中枢神经系统感染、中毒性痢疾、哮喘持续状态、惊厥持续状态、感染性休克、呼吸衰竭、急性心力衰竭、败血症等儿科危重症抢救治疗方面积累了丰富经验。

儿科还开展了儿童哮喘专科门诊，开展规范化综合治疗。近年来，科室业务的不断拓展，还开展了婴儿及儿童的运动发育评价、智力筛查以及矮小症的诊断和治疗。