解放军总医院第七医学中心消化内科医学部前身是原解放军总医院消化内科，始建于1958年，是中华医学会消化病分会主任委员、中华医学会消化内镜学分会主任委员所在单位。2008年被评为北京市重点学科，2013年被评为全军首批国家临床医学专科中心建设单位。

医学部2020年6月成立，包含消化内镜超级微创与修复（消化军事医学）、食管胃、肠道、肝脏，胆系、胰腺疾病及肠道微生态等亚专业，拥有7个派驻科室，现有高职专家70名，医护人员430人。

在消化系统常见病，疑难病诊治和急危重症救治方面特色鲜明，拥有在面积、规模、技术等方面领先世界的国际一流消化内镜中心。

医学部在国际率先定名完善了消化内镜隧道技术，替代了一批传统外科手术，降低了手术风险、提高了术后生活质量；率先提出基于保持人体解剖结构不变条件下，达到祛除疾病目的的超级微创手术新概念，替代以切除器官为代价的手术模式，为未来手术方法学与器械研发指明了方向。

在肠道微生态与肿瘤表观遗传学研究方面也处于国际国内领先地位。科研成果包括国家科技进步二等奖、军队科技进步和医疗成果一等奖、北京市医学科技一等奖、美国胃肠病学会主席团奖及唯一国际奖、吴阶平医药创新奖，吴阶平—保罗杨森医药奖。