北京协和医院心理医学科是在北京协和医院心理生理中心的基础上重组成立的。科室重组成立于2006年5月。

本科采用心身医学的理念，心理治疗与药物治疗结合。为受心理或情绪困扰的来访者、为因心理疾病产生情绪问题或身体的功能性症状难以缓解而苦恼的患者、为慢性或严重疾病在心理上承受折磨的患者及家属提供帮助。