北京协和医院中医科1961年正式命名，中医办公室成立于1955年，当时由著名中西医结合专家史济招教授担任科室负责人。曾聘请北京四大名医之一施今墨，著名中医学家任应秋、陈慎吾、钱淇光、李重仁等为顾问。1979年聘请北京四大名医施今墨的入室弟子著名中医祝谌予作为中医科主任。几十年来全科以中西医结合为学科建设和发展的主要方向，开展医教研工作，培养了大批的中西医结合的骨干人才。2001年，2010年及2012年被评为北京协和医院先进集体。2002年被批准为北京市综合性医院示范中医科。2005年被批准为“十一·五”期间北京中西医结合糖尿病特色诊疗中心。2007年被批准为国家中医药管理局重点糖尿病专病建设单位。2007年被评为全国综合性医院中医药示范单位。2009年获国家中医内分泌（糖尿病）药物临床试验机构资格。2011年被评为国家临床重点专科（中医内分泌）建设项目单位。2012年被评为国家中医药管理局“十二·五”中医药重点学科建设单位。2015年顺利通过全国综合性医院中医药工作示范单位复审。中医科历届科主任都非常重视学科建设和人才培养，学科带头人都能够站在学科的前沿。史济招教授、祝谌予教授、张育轩教授、郭赛珊教授等前任主任，他们为了中医科发展和学科建设的作出了卓越的贡献。史济招教授是中医科第一任主任（1961～1979年），是第二批全国老中医药专家学术经验继承工作指导老师，获中国中西医结合三十年贡献奖，享受政府特殊津贴。祝谌予教授是中医科第二任主任（1979～1985年），是全国第一批老中医药专家学术经验继承工作指导老师和协和名医，获政府特殊津贴。他提出的糖尿病血瘀证学术思想及活血化瘀治疗糖尿病的方法独树一帜，引领中医、中西医结合糖尿病学科发展的方向。张育轩教授是中医科第三任主任（1985～1989年），获中国“中西医结合三十年贡献奖”，享受政府特殊津贴。曾任中国中西医结合学会消化系统疾病专业委员会副主任委员等职。钱自奋教授曾任中医科第一副主任（1989年～1991年）中国中西医结合学会北京分会活血化瘀委员会副主任委员等职。郭赛珊教授为中医科第四任主任（1991～2002年），享受政府特殊津贴，为第三批全国老中医药专家学术经验继承工作指导老师和中央保健会诊专家，2017年评为“全国名中医”，曾获中国中西医结合三十年贡献奖、全国首届中医药传承特别贡献奖及北京协和医院突出贡献奖，曾任北京中西医结合糖尿病专业委员会主任委员。现任科主任梁晓春教授（2002年～至今）是祝谌予教授的研究生，曾获全国优秀科技工作者、全国首届杰出女中医师、北京市教育创新标兵、北京市首届群众喜爱的中青年名中医、北京市卫生系统先进个人、首都健康卫士及北京协和医院科研先进个人一等奖等荣誉。目前担任中国中西医结合学会常务理事、中华中医药学会理事、中国中西医结合学会内分泌代谢病专业委员会副主任委员、北京中西医结合学会糖尿病专业委员会主任委员、北京市“十病十方”科研项目糖尿病领衔专家等学术职务。任《环球中医药》副主编、《中国临床医生杂志》副主编及《中国中西医结合杂志》、《中华全科医师杂志》等十多本杂志的编委。科室现有医护人员42人。教授5名，副教授8名、主治医师11名、住院医师7名、护理人员11名。现有博士生导师4名、硕士生导师9名。1978年以来中医科设有肝病、糖尿病、男性性功能障碍、冠心病、高脂血症、乳腺增生、风湿免疫病及肿瘤专业组。曾经有肝炎6号、益气生津活血胶囊、筋脉通、仙贞片、宁脂胶囊、优育冲剂、软坚冲剂、活血片等20余种有效的院内制剂。但由于医保等原因，目前主要以中草药汤剂为主。中医科日门诊量达600人次，年门诊量约16万人次以上。约50％为外地疑难病症患者。针灸年门诊及治疗量18000人次左右，采用多种针法、火罐、穴位贴敷等方法治疗内、外、骨、妇、神经、儿、皮肤、耳鼻喉等科的相关病证。科室还承担全院各病房的中医和针灸会诊，年会诊2000人次以上。病房床位20张，以收治糖尿病及其慢性并发症病人为主，兼顾其它适合中医或中西医结合治疗的疾病，如呼吸、消化、泌尿、心脑血管系统疾病及肿瘤等，年收治500人次左右。坚持三级医师查房和全科大查房制度，以确保医疗质量。严格按照中西医结合模式书写病历，病历合格率为100%，在协和医院名列前茅，多次在中国医学科学院、中国协和医科大学和北京协和医院病历评比中获奖。护理病历也曾获得北京协和医院一等奖。病人对医生和护士的满意度调查均在95％以上。从未发生医疗纠纷和医疗事故。