北京协和医院心外科的前身是我国著名外科学家吴英恺创建于1952年的胸外科，有着十分辉煌的历史。1994年，心外科在北京协和医院成为独立的三级学科，刘晓程教授（1994-2001）、朱晓东院士（2003-2004）先后任北京协和医院心外科主任，目前科室主任为苗齐教授。科室开放床位24张。现有主任医师1名、副主任医师3名、主治医师1名、住院医师2名、灌注技师2名，在读博士1名、硕士2名。全科年门诊量约4000人次，年收治病人500余例，年体外循环下心脏直视手术350余例。非体外循环心脏手术100余台。北京协和医院心外科坚持参照最前沿的诊治理念及国际通行指南为患者提供服务，并非常重视与国内外著名心脏中心之间的学术交流。近年来，北京协和医院心脏外科与美国克莱夫兰医学中心、美国麻省总医院、意大利米兰医学中心，加拿大McGill大学医院、日本心脏研究所等世界一流医院都有固定合作和学术交流，定期互访。科室多名医生在上述心脏中心接受临床培训，并多次邀请国外著名心血管外科医生来科室进行手术演示、学术讲演等。北京协和医院心外科的特色是诊治疑难危重病例。依托北京协和医院强大的综合实力，心外科坚持多学科团队合作，坚持走出了一条独特的发展道路，目前心外科收治的患者中过半患者合并全身多器官/系统病变、病情危重。在相关科室如心内科、麻醉科、ICU、放射介入科、感染内科、免疫内科、普内科等相关的密切配合下，疑难危重患者的救治水平达到了国内领先、国际齐平水平。北京协和医院心脏外科开展的手术种类包括：1.冠心病外科，包括冠状动脉搭桥手术、室壁瘤切除、缺血性二尖瓣返流的外科治疗等。完全血管化、常规采用内乳动脉，年轻患者尽量全动脉化搭桥等先进的治疗理念为患者带来最佳的近远期效果。近年来开展无接触法（notouch）采集大隐静脉，极大地减少了手术操作对桥血管的损伤、提高了远期通畅率。2.瓣膜外科，包括各种或联合瓣膜置换/成形手术、再次瓣膜替换、主动脉根部脓肿、同期房颤射频消融术等。近年来瓣膜成形手术成功率进一步提高，保留了患者自体瓣膜，减少了术后心功能的损失、避免了终生抗凝。感染性心内膜炎的外科手术治疗已经成为特色诊疗项目。秉承先进的国际理念，心外科主张对符合手术指征的活动期心内膜炎患者及早进行手术，提高了瓣膜修复率、减少了并发症。3.主动脉外科，包括主动脉瘤、动脉夹层的手术治疗，如Bentall、David，Wheat、升主动脉置换、半弓/全弓置换、象鼻手术、降主动脉覆膜支架植入术等。4.先心病矫治，可以手术矫治房间隔缺损、室间隔缺损、动脉导管未闭、法鲁氏四联症、右心室双出口、完全性肺静脉畸形引流、三尖瓣下移（艾勃斯坦畸形、心内膜垫缺损、肺动脉闭锁等先天畸形，近年来成功开展经胸小切口/经股血管房间隔缺损和动脉导管封堵，手术创伤极小、恢复迅速，美观效果极佳。5.慢性肺动脉栓塞血栓内膜剥脱术6.缩窄性心包炎施行心包剥脱术等；7.心衰的治疗，包括循环支持。常规开展心衰/呼吸衰竭的体外膜式氧合（ECMO）支持，挽救危重患者生命。8.疑难罕见病例包括：心脏肿瘤、心脏嗜铬细胞瘤、延伸至右心腔甚至肺动脉的静脉内平滑肌瘤病、合并其他系统恶性肿瘤的心脏手术、透析患者心脏手术。教学方面，北京协和医院心脏外科承担中国协和医科大学本科生、研究生教学，并已成为北京市心外科专科住院医师培训基地。科研方面，心外科承担多项院内外科研项目。每年在国内核心期刊发表各种论文10余篇，并有论文发表于美国心胸外科年鉴（AnnalsofThoracicSurgery）。心外科2003年参与国家科技部“十五”攻关课题《肺栓塞规范化诊断和治疗》，2009年获得中华医学基金会（CMB）项目资助开展无输血心脏外科研究，2010年获得北京市自然科学基金资助，开展“与胶原膜特异结合的血管内皮生长因子促进心肌梗死后心脏功能的恢复”相关研究。2015年承担国家高科技研发计划（863项目）子课题《面向血管修复的管腔型精密细胞3D打印系统》，目前还有多项在研课题与中科院遗传所、苏州纳米所、医科院基础所等多家单位合作进行中，同时做为子课题承担多项国家级临床科研专项课题研究。