首都医科大学附属北京儿童医院消化科于1999年正式独立运行，现拥有独立的病房、门诊、内镜中心、粪菌移植及胃肠动力室，是集临床、科研、教学为一体的综合性科室，具有一支梯队合理、技术精湛的医疗队伍。

科室现有医护人员48名，医师25名，护士23名，高级职称9名，其中主任医师3名，副主任医师8名，中级职称5名，博士后5名，博士10名，硕士8名。

消化科已形成以儿童消化系统疑难病诊治为核心，以儿童炎症性肠病、儿童肝病、儿童消化内镜和儿童营养等亚专科齐全的儿童消化中心。每周常设7天专业门诊，设置IBD门诊、便秘门诊、消化内镜门诊等专科疾病门诊，最大程度保证患儿的就医需求。消化科现有两病区58张床位，年门诊量近6万人次，年收治病人5000人次。对少见病、疑难病症的诊治具有较高水平。炎症性肠病、急性肝衰竭、重症胰腺炎的诊治是科室的特色优势。

消化内镜用于临床诊疗始于1989年，并于2015年正式成立消化内镜中心。目前开展的特色诊疗项目包括普通胃肠镜检查、无痛胃肠镜、新生儿胃肠镜、十二指肠镜、小肠镜、超声内镜、胶囊内镜等；内镜下治疗包括息肉切除术、消化道异物取出术、食管狭窄扩张术（球囊扩张、支架置入、黏膜切开）、消化道止血术、内镜下置管术、内镜下黏膜切除术(EMR)、经皮内镜下胃造瘘术（PEG）、内镜下食管胃底静脉曲张精准断流术（ESVD）、经口内镜下食管括约肌切开术（POEM）、逆行胰胆管造影术（ERCP）、内镜逆行性阑尾炎治疗（ERAT）、粪菌移植术等。多年来大力发展消化内镜技术，诊治水平受到全国消化界同仁的推崇和认可，居全国儿科前列。同时，消化内镜中心是全国儿科内镜培训基地，不断为基层医院培养儿科内镜专科医护人员，加速儿童消化内镜的发展。内镜微创技术具有创伤小、无疤痕、精准度高、恢复快、并发症少等优点，已成为儿童消化系统疾病的优选。消化内镜中心将一如既往竭诚为全国患儿服务，护佑儿童胃肠健康。

消化科作为规范化培训重点科室，在教学方面采用多种教学模式，如每周科室例会、教学查房、疑难病例讨论、小讲课、病历点评、内镜教学等。参与第七轮高等学校五年制本科儿科学专业（方向）“十四五”规划教材《儿科实习手册》、国家卫生健康委员会“十四五”规划教材《儿科学》等教材编写，近年已出版《儿童消化病学》、《儿童消化系统疾病诊疗规范》等多部书籍。

消化科作为博士及博士后培训基地，极大地促进了科研的发展。科室主持包括国家重点专项、北自然等多项课题，发表多篇SCI及核心期刊论文。主办大型学术交流会议，促进国内外交流学习。无论是临床还是科研成果都收到国内外消化界同仁的关注和认可。