首都医科大学附属北京儿童医院呼吸科分为呼吸一科、呼吸二科。
呼吸一科简介
北京儿童医院呼吸专业于1978年在江载芳教授带领下成立，在儿科呼吸疾病疑难重症诊治方面居国内领先地位。科室1991年在国内儿科最早开展支气管镜介入诊疗；诊断了北京儿童医院首例肺泡微石症(相关论文发表在新英格兰医学杂志)、肺泡蛋白沉积症、变应性肺曲霉病、囊性纤维化和闭塞性细支气管炎、血管环畸形；2011年获批成为卫生部“国家临床重点专科”；2013年获批科技部、国家卫生计生委、总后勤部卫生部“国家呼吸系统疾病临床医学研究中心”，是全国唯一获批的儿科专科医院。
江载芳教授曾任国际儿科学会的执委和常委、亚洲儿科学会常委、美国儿科学会荣誉会员。科室目前学科带头人为国家呼吸系统疾病临床医学研究中心主任，中华医学会儿科学分会主任委员申昆玲教授。在学科带头人领导下，由各亚专科学科骨干作为负责人成立亚专科发展人才梯队，专业医护人员40余人，其中医师14人，护士22人。
呼吸科设有专家专业门诊，平均年门诊量20000余人次。病房现有开放床位40张，另有8张支气管镜观察床，并具备完善的急救条件。月均入院人数达200余人。
以成为全国小儿呼吸系统重症和疑难疾病诊治示范基地及呼吸专科人才培养基地为目标，呼吸科确立的专科业务发展方向包括：①呼吸道感染性疾病诊治及其病原学研究；②睡眠呼吸障碍诊治及其发病机制研究；③支气管哮喘和喘息性疾病诊治及基础研究；④儿童支气管镜应用技术研究；⑤呼吸系统疑难少见病诊治及其发病机制研究。
继率先在国内儿科开展支气管镜介入诊疗后，2001年，呼吸科成立了儿童哮喘中心，同年在国内最早建立了规模最大的儿童睡眠中心，采用与国际接轨的多导睡眠监测技术已完成了7000余例多导睡眠监测。初步明确了闭塞性细支气管炎的临床诊断和治疗方法，开展间质性肺疾病研究长达14年、儿童原发性纤毛运动障碍的研究近20年。2013年2月，科室开始与美国哈佛大学医学院附属麻省总医院儿童医院进行远程病例讨论。
呼吸科集“医教研”为一体，具备较完善的呼吸专业教学体系，常年负责本科生、研究生、社会化培训、进修人员的教学、培训和科研任务。每年派多人参加全国、国际学术会议及学习班，并安排人员出国学习深造。与医院北京市儿科研究所、省部共建重点实验室合作共同完成了“十一五”、“十二五”国家科技支撑计划，并于近五年获批重大专项等科研立项共10余项。
呼吸二科简介
呼吸二科负责各种呼吸系统疾病和非传染性肺结核病的诊治和研究，科室创始人江载芳教授为我国著名的儿科专家，是我国儿内科主要创始人之一。
呼吸科具有雄厚的医疗、科研和教学实力，全体医生均为硕士以上学历，博士占90%。
呼吸科对儿童各种呼吸系统疾病的诊治有深入的研究和丰富的临床经验，在呼吸系统疑难及少见病的诊治方面尤为突出，如反复呼吸道感染、反复喘息和反复咳嗽、各种难治性和反复肺炎、难治性和重症哮喘、不明原因咯血和肺泡出血、间质性肺炎、胸腔积液、支气管扩张闭塞性细支气管炎、先天性和后天性气道狭窄、气道肿瘤、吸入性肺部疾病、肺动脉高压以及肺血管、淋巴管畸形、免疫缺陷病引起的肺部损伤以及其他系统疾病的肺部表现等等，受到国内外同行和家长肯定，病人来自全国各地。
对常见呼吸疾病的深度和精准诊治也处于国内领先水平，主要执笔和参与了我国多部儿童常见呼吸系统疾病指南的制定，参与和主编多种儿童呼吸疾病和结核病著作，如诸福棠实用儿科学、实用小儿呼吸病学、实用小儿结核病学等。对儿童肺结核的诊治国内领先，制定了全国儿童结核病诊治规范。
呼吸科除完成病房和门诊以及教学工作，注重科学研究，主要研究方向包括反复肺炎的诊治、支气管扩张的病因诊断、先天性和后天性疾病的气道疾病介入治疗、5岁以下儿童哮喘的诊治和早期预测、闭塞性细支气管炎的个体化诊治、囊性纤维化和免疫缺陷病的长期治疗、儿童重症肺结核的诊治、肺间质性疾病的病因诊断和长期治疗、肺泡出血综合征的病因诊断和长期治疗，以及其他疑难少见病的诊治。获得卫健委、国家自然科学基金、北京自然科学基金、市医管局等多种基金资助。