中国人民解放军总医院第六医学中心儿科由住院部、门急诊、实验室三部分组成。住院部包括造血干细胞移植层流病房、血液肿瘤、新生儿重症监护、神经及康复专业4个专业病区，共计床位127张。海军总医院儿科除普通常见疾病诊治外，专业特色突出，以新生儿、神经、血液为优势专业，各专业在全国及北京市享有较高学术地位。专业特色如下：1、特色门诊及常见疾病诊治：①反复呼吸道感染，过敏性咳嗽门诊②儿童保健门诊及新生儿复查③高危儿及发育迟缓评估及干预门诊④小儿血液系统疾病门诊及跟踪随访⑤小儿神经及康复门诊⑥小儿难治性疾病及罕见病门诊。⑦儿科常见疾病住院诊治。2、小儿血液肿瘤专业特色：海军总医院儿科白血病化疗相关感染及死亡率均明显低于北京市平均水平，是国家科技部“儿童白血病规范性化疗”863重点支撑计划课题的主要参与单位，儿童白血病化疗居国内领先水平，近年来白血病诊疗与国际先进血液病中心接轨，急性淋巴细胞白血病的化疗治愈率达80%以上，急性非淋巴细胞白血病的化疗治愈率达60%以上，复发白血病再次缓解率达80%。在儿童难治性白血病、难治性免疫性血小板减少性紫癜、慢性活动性EB病毒感染的治疗方面形成特色优势。3、造血干细胞移植专业特色：海军总医院儿科1999年成功进行了北京市和全军首例非血缘脐血造血干细胞移植，开展自体、同胞、单倍体、非血缘骨髓/外周血及脐血等各类造血干细胞移植治疗各种小儿各种恶性和非恶性疾病，如难治性血液病、重型再生障碍性贫血、自身免疫性疾病、原发性免疫缺陷疾病及遗传代谢性疾病等，其中多例为国内首例。目前是国内规模最大的儿科造血干细胞移植中心。目前在非血缘脐血移植慢性肉芽肿，单倍体移植重型再障方面专业优势突出，疗效显著。4、小儿神经及康复专业：海军总医院儿科对儿童发育迟缓，各种急性脑损伤，包括脑炎，脑出血，脑外伤等脑损伤采取药物-细胞-高压氧-康复训练序贯与联合治疗，取得更好疗效，国内形成特色优势。儿科2005年开展并报道了世界首例神经前体细胞移植治疗新生儿脑损伤的移植治疗，取得较好疗效。后在国内儿科界相继自主研发和开展了异基因神经干/前体细胞、嗅鞘细胞、少突前体细胞、CD133细胞、间充质干细胞、单个核细胞，原肌细胞移植及干细胞活性因子治疗小儿脑瘫、智力障碍、各类脑炎、遗传代谢相关脑病、孤独谱系障碍等的临床研究，取得一定疗效。5、新生儿重症监护中心（NICU）：海军总医院NICU编制床位35张，每个床头就是一个生命抢救单元，是本院高危产科的有力保障，并承担外院危重新生儿转运接诊任务，在极（超）低体重儿、早产儿、各种围产期脑损伤、各种新生儿危重症抢救方面专业优势突出。中国人民解放军总医院第六医学中心儿科NICU--小儿神经--神经康复中心形成了新生儿围产期脑损伤诊疗-神经发育矫正-神经康复专业链，贯穿儿童神经发育进程及神经损伤转归的不同阶段治疗，进一步提高降低了新生儿脑病的致残率和致残程度，形成了脑病NICU的特色治疗。6、小儿遗传代谢病等难治性疾病及罕见病：海军总医院儿科以细胞治疗学为特色，率先提出和实践了多胚层来源，多功能细胞治疗联合及序贯治疗多系统疾病，采用造血干细胞、间充质干细胞、神经干细胞、少突前体细胞、免疫细胞等序贯与联合治疗小儿慢性肉芽肿、ＷＳ综合征、联合免疫缺陷症、粒细胞缺乏症、嗜血细胞综合征等免疫缺陷症；粘多糖病、戈谢氏病、肾上腺脑白质营养不良等遗传代谢病、难治性系统性红斑狼疮、幼年性类风湿关节炎、重症皮肌炎、克罗恩病、溃疡性结肠炎、糖尿病等自身免疫病。