中国中医科学院西苑医院肛肠科是一个有着六十多年历史，在国内享有盛誉，中医特色和优势突出的优秀专科，是中国医师协会中西医结合医师分会肛肠专家委员会主任委员单位、白求恩精神研究会肛肠分会会长单位、北京肛肠学会会长单位、中国中医药信息学会肛肠分会副会长单位。2014年被评为全国中医肛肠学科先进名医工作室，2018年被评为中国中医医院最佳临床型专科肛肠科。2022~2024年连续3年在中国中医医院竞争力排行榜肛肠专科排名第10位。

西苑医院肛肠科现有主任医师6名、副主任医师4名、主治医师3名，其中博士后2人、博士6人、硕士5人、学士2人。护士12名，拥有住院床位33张，年住院患者及手术例数均超过1600例。病房设施完善，开设有专科治疗室、换药室、处置室、监护室、中医综合治疗室、肠镜检查室等。配置有电子乙状结肠镜、肛管直肠测压仪、生物反馈治疗仪、肛管直肠腔内治疗仪、结肠水疗治疗仪、红外线治疗仪、频谱治疗仪、直肠腔内超声仪、中药熏洗机、中药离子导入仪、艾灸治疗仪等。

科室诊治范围包括所有结直肠肛门盆底疾病，特别是中西医结合在结直肠恶性肿瘤、高位复杂性肛瘘、复杂性肛周脓肿、嵌顿痔、直肠脱垂、顽固性便秘、慢性结肠炎、肛肠疾病伴有血液病、肛肠手术术后并发症治疗等方面具有显著优势。围手术期采用中药口服及中医外治疗法如：中药膏摩、中药封包治疗、穴位贴敷、耳穴压豆、皮内针、针刺、艾灸、穴位按摩等多种方式加速患者术后康复。

科室广泛开展具有中医、中西医结合特色的诊疗服务项目，如高悬低切术治疗混合痔、中医微创术式铜离子电化学疗法（ECTCI）治疗内痔、腹腔镜结直肠癌手术、适形定向挂线治疗高位复杂性肛瘘、中医硬化剂注射治疗内痔、直肠瘢痕支持固定术加中药硬化剂注射术治疗出口梗阻型便秘、穴位强化埋线治疗顽固性便秘等，此外还开展结肠次全切除治疗慢传输型便秘、RPH技术治疗重度混合痔、STAPRE手术治疗直肠脱垂、经肛门直肠肿瘤切除手术等。