北京大学第三医院男科下设男性健康门诊及男科专家门诊，并建有男科检查室，男科实验室，男科手术室等。

男科诊疗中心的诊疗范围为男性不育；男性性功能障碍；性传播疾病；前列腺疾病及其它男性生殖系疾病等。

在以上各个方面，男性病专科拥有丰富的临床经验，先进的实验室设备，能开展多项男性生育能力检测的实验，在全国学术界有重要影响。

在科研方面，男性病专科在勃起功能障碍、早泄、睾丸的生精障碍及精子的顶体反应，支原体感染及一氧化氮对男性生殖的影响、农药对男性生殖机能的损害，前列腺的组织化学及细胞化学的研究，精子处理技术的研究等方面，进行了大量的科研工作，并发表了数十篇论文

在教学方面，男性病专科培养了多名男科研究生，并培养了大批来自全国各地的男科医师。