北京大学第三医院消化科，作为第一批国家临床重点专科，成立于1958年北医三院建院之初。其前身为内科消化组，在几代人的不懈努力下，发展为集门诊、病房、胃肠造影室、胃肠动力室、病理实验室、内镜室为一体的北京大学消化疾病研究中心。
1958年建科之始，郑芝田教授从北大一院调至北医三院创建内科教研室并担任内科主任，带领消化科开展胃镜、诊断性腹腔镜、肝穿刺等检查，使得本科成为当时国内开展消化内镜检查技术最早的单位之一，多位知名专家都曾来本科学习。本科内镜的使用过程见证了我国消化内镜技术的发展，从最早的硬式内镜，半可屈式胃镜，纤维胃镜，到电子内镜，电子色素内镜，放大内镜，蓝激光内镜。每一次技术的进步、每一项成功的跨越都凝聚了前辈们无数日夜和心血。
1984年9月经北医及北医三院领导批准，消化科从内科分离出来成立独立的北医三院消化科，李益农教授任科主任。1985年在卫生部及北医领导支持下，消化科建成面积300m2的临床实验基地。整个建筑分为两层，一层为内镜室，引进先进的诊疗设备，包括电子内镜、超声内镜、超声腹腔镜等；二层为实验室，包括病理生理室、生化室、细胞室等。消化科研究基地的建立在当时国内尚属少见，为消化科的发展奠定了基础。
1985年5月经北医批准成立了北京医科大学消化疾病研究中心，标志着消化科已形成一个包括独立门诊、急诊、病房、内镜室、实验室、X-线检查室在内的完整、独立的医教研体系，为学科的快速向前发展提供了有利的条件。李益农教授全力辅助郑芝田教授，在消化疾病中心的建立和发展中做了大量工作。
2006年，内镜室建筑面积增至600余平方米。2007年在富士能公司投资基础上，消化科成立内镜培训中心，成为全国消化医师正规内镜培训基地。2016年底，成为国家首批ERCP培训基地。
目前内镜室拥有以下先进设备：电子内镜主机，Doppler电子超声胃镜（环扫、扇扫、小探头），胶囊内镜，电子双气囊小肠镜，新型电子结肠镜，新型电子十二指肠镜，内镜超声微探头，超细经鼻胃镜，电子放大内镜+FICE系统，内镜蓝激光影像诊断系统。消化科病理室拥有Nikon80i显微镜，NikonSMZ1500实体显微镜等。消化科胃肠造影室则拥有东芝数字胃肠X光机这样的先进设备。
2012年科室床位由原先的31张增加到39张，2014年增加为两个病房，共60张床位。2012年启用新的内镜中心。多年来北医三院消化科开创了国内多项内镜的第一：1974年率先开展ERCP技术，1982年率先开展放大内镜和单人结肠镜检查，1985年率先开展超声内镜，1991年率先开展早期胃癌内镜下治疗技术.
1995年率先进行经皮内镜下胃造瘘技术，这些先进的技术和设备为临床病人的诊治解决了很多疑难问题。2009年成为国家临床重点专科。发展先进内镜技术的同时，消化科同期先后建立了胃肠造影室、消化病理实验室。1978年包括消化病理室在内的北医三院消化疾病研究室创立，而叶嗣懋教授在消化病理室的建立过程中做出了重要贡献。
1980年林三仁教授将日本的气钡双重对比造影技术引入本科，为早期胃癌的发现提供了有力手段，成为国内第一家开展气钡双重对比造影技术的科室，这项技术的先进性一直保持至今，尤其是小肠气钡双重对比造影技术，目前仍有大量外地和北京多家知名医院转诊病人至本院。郑芝田教授自建院之初即筹建消化病理室，开展了壁细胞抗体、甲胎蛋白检查等当时国内先进的实验室检查技术，将胃黏膜活检与胃镜检查所见相结合是国内首创，为临床患者带来了福音。
80年代初期，本科即形成了以亚专业组为导向，带动科室整体发展为目标的科室发展宗旨，建立了上消化道组、大肠组、小肠组、肝病组、胃肠造影组和病理实验组。之后相继建立了胃肠动力组和胆胰疾病组。先进的管理理念、卓越的学术成就吸引了国内同行前来进修学习.
1981年即举办了第一届全国消化进修班，之后每年举办学习班，为全国不同单位培训了大批进修医师。取得的成绩得到国际同行的帮助和认可，日本已故著名内镜专家竹本忠良教授、白壁彦夫教授在上世纪八九十年代曾多次来本院讲授和演示日本内镜及胃肠造影的新进展。
上消化道组以解决临床实际问题为导向，以临床科研为手段，在发展临床技术的同时，开展了多项国内外领先和先进的临床科学研究，并取得了骄人成绩。20世纪70年代，本科郑芝田教授首先发现痢特灵治疗消化性溃疡病成功，开创了抗生素治疗溃疡病的先例，获得了1988年北京市科技进步二等奖，1989年卫生部科技进步三等奖。
1986年起，消化科林三仁教授负责的“胃癌早期诊断新方法的研究”连续获得国家七五、八五攻关课题。开创了适合我国国情的胃癌序贯筛查法，该成果荣获1991年卫生部科技进步三等奖及1992年光华科技基金三等奖。
1996年林三仁教授及周丽雅教授在山东胃癌高发区开展了幽门螺杆菌与胃癌关系的10年随访研究，对明确幽门螺杆菌和胃癌的关系做出了中国的贡献。2006年开始周丽雅教授连续承担国家十一五、十二五科技支撑计划课题，针对幽门螺杆菌的诊断和治疗取得了突破进展。该成果荣获2014年教育部科技进步二等奖，2015年中华医学科技进步二等奖。
丁士刚教授在北京市自然科学基金-海原始创新联合基金支持下开发了一种光场3D共聚焦内镜用于早期食道癌及胃癌的诊断，在科技部国家重点研发计划支持下，开展了高清电子内镜的临床应用效果验证以及基于纳米分子影像探针的肿瘤介入与疗效评价研究。2015年消化科获批幽门螺杆菌感染及上胃肠疾病诊治研究北京市重点实验室。
本科林三仁教授于1974年4月26日在国内领先开展内镜逆行胰胆管造影（ERCP）技术。1993年始开展治疗性ERCP技术，乳头括约肌切开（EST）取石，2004年黄永辉教授引入本科后，正式成立胆胰疾病组。
除了开展胆管结石取石术、肝外胆管良恶性狭窄支架置入术、胰管支架置入术等常规ERCP诊断和治疗技术外，胆胰疾病组自成立至今，开展了多项创新性的临床科研研究，开发了多项国内先进的新技术，并获得多项国家实用新型专利，部分专利已进入临床转化阶段。胆胰疾病组成员承担及参加多项国家和省部级课题，包括国家科技支撑计划课题、国家自然科学基金、国家重点研发计划“重大慢性非传染性疾病防控研究”、北京市首都特色计划课题等多项临床科研项目。
胃肠动力学组在近20年的发展过程中，逐渐形成了系统的研究方向。重点包括功能性胃肠病（肠易激综合征、功能性消化不良、功能性食管病、功能性便秘和胆道功能障碍等）的临床和基础，特别是功能性胃肠病与精神障碍共病的研究、胃食管反流病的临床诊疗和发病机制研究、肠道微生态与脑-肠轴功能的研究等.
并构建了胃肠道动力相关疾病多学科合作诊疗平台。动力组承担、参与和完成了多项国家及省部级课题，包括国家自然科学基金、科技部863项目、十二五科技支撑计划课题、教育部博士点基金、北京市自然科学基金等。
大肠组具有较强的整体实力，对大肠常见疾病及疑难疾病的诊治水平居国内前列。先后承担并参与了国家自然科学基金、科技部863项目、卫生部科学研究基金、卫生行业科研专项基金、高等学校博士学科点专项科研基金、北京市自然科学基金、北京市科委年度科技计划项目、北京大学第三医院临床重点项目、归国人员科研启动基金、青年基金等资助的研究二十余项，专业组成员多次应邀在国内外重要会议上以大会发言或壁报形式展示研究成果。
另外还有肝脏疾病专业组、小肠疾病专业组也在不断发展壮大。
在现任主任丁士刚教授的带领下，消化科继续快速发展，逐渐发展为以本部为中心，机场院区及北方院区为两翼的消化疾病疑难危重症诊治中心、肠病中心、胆胰疾病及日间病房中心。
建立食管、胃和大肠早期癌及癌前病变诊治网络，完善上消化道出血绿色通道及诊治流程，建立胆胰及动力疑难疾病诊治中心，建立胃肠道癌及癌前病变、HP相关疾病的临床科研及基础研究中心，消化科积极发挥全国消化内镜培训基地等优势，为打造国际一流的消化疾病诊断与研究中心而努力奋斗！