中国医学科学院肿瘤医院腹部外科主要对腹部脏器及四周软组织的恶性肿瘤进行外科治疗。为提高专业水平，该科组建胰腺肿瘤、肝胆肿瘤、胃肠肿瘤及乳腺肿瘤四个专业组（亚科设置）。目前设有病床174张，分为四个病房，拥有医护人员105余人，其中包括主任医师11人，副主任医师13人。该科年门诊量超过75000人次，年手术3000台次。

腹部外科不断引进国内外最先进的诊疗设备和技术，在国内最早成功研究低位直肠癌吻合器保留肛门手术，在国内最早开展早期乳腺癌保留乳房的手术和前哨淋巴结活检等多项新技术。各种恶性肿瘤的5年生存率居全国前列。

腹部外科主持开展的乳腺癌、胰腺癌、肝癌的临床和基础研究，获得了国家“十五”科技攻关和“八六三”等国家重点学科基金资助，还开展了大肠癌、乳腺癌等多项国际协作和国内协作课题研究。该科是国家肿瘤学重点学科点和中国协和医科大学硕士、博士学位授权点之一。