南方医科大学深圳医院新生儿科于2016年4月建科，为深圳市医师协会新生儿科医师分会副会长级单位。编制床20张，各种抢救设备一应俱全，保证了临床治疗对抢救设备的需求。依托于南方医科大学珠江医院儿科中心（国家重点学科），科室主任陈慧来自珠江医院儿科中心，曾其毅院长、李宏教授、王斌教授等知名教授定期来科室查房教学，并在我院名医堂坐诊。
在临床业务中，开展各种新生儿危重症急救技术如早产低（极低、超低）体重儿抢救、各种呼吸支持、血浆置换疗法、新生儿换血疗法、一氧化氮吸入技术、肺表面活性物质替代疗法以及中心静脉置管技术。科室收治早产儿、极低出生体重儿、新生儿肺炎、新生儿高胆红素血症、新生儿肺透明膜病、气胸、缺氧缺血性脑病、颅内出血、先天畸形等常见病及危重症新生儿。已成功救治出生体重590g超早产儿，大量心包积液及心包填塞等急危重新生儿。