昆明医科大学第二附属医院中医科始建于1956年，1992年成立住院病区；于2015年12月1日再次组建中医科住院病区，开放床位20张，是集中医医疗、教学和科研为一体的科室。科室下属四个亚专科门诊：中医内科专科门诊、中医针灸专科门诊、中医肛肠专科门诊、中医骨伤专科门诊。现有医护23人，其中主任医师、教授职称3人，副主任医师、副教授4人，主治医师5人，主管护师4人。科室每月门诊诊疗人次约1200人、为各科室提供中医会诊约140人次，每年完成中医肛肠手术台次约900台。在现任科主任贝立民教授带领下，科室以国家中医药发展战略规划纲要等重要思想为行动指南，坚持以中医为主的发展方向，充分发挥中医药特色与优势，走中西医结合发展的道路，2021年成为“云南省胆囊切除术后综合征（PCS）防治中西医协同协作基地”。坚持以患者为本的服务宗旨，向区域内患者提供完善有效、质量优良的中医医疗保健服务和中西医结合医疗保健服务。特色医疗：中医内科专科：运用中医药内服措施，主要治疗各种慢性疾病，如慢性支气管炎，高血压、糖尿病、慢性胃炎、肝炎、胆囊炎、慢性肾炎，再生障碍性贫血、各种疑难杂症、以及内、外、妇、儿科疾病。中医针灸专科：运用针灸外治措施，主要治疗肢体疼痛、颈腰椎疾病、肩周炎、网球肘、血管神经性头痛、三叉神经痛、面瘫、风湿性关节炎、老年性骨性关节炎、肥胖症、术后胃瘫、胃肠功能紊乱、耳鸣耳聋等多科病症。中医肛肠专科：应用中西医结合手术及药物疗法，主要治疗痔疮、肛裂、肛周脓肿、肛瘘等各种肛肠专科疾病。中医骨伤专科：主要应用中医骨伤外治疗法，治疗四肢、肋骨骨折、软组织损伤、骨关节损伤及退行病变等疾病。中医护理传统治疗组：运用中医三伏贴、三九灸、平衡火罐、耳穴压籽、穴位贴敷、揿针疗法等多种传统外治疗法，治疗各种慢性疾病。科教成果：科室已发表在省级以上学术期刊的专业学术论文150余篇，院、校级科研在研项目两项。科室目前为全科医师规范化培训基地带教科室，每年带教规培学员约50人。每年承担昆明医科大学本科临床医学、全科医学专业《中医学基础》课程；昆明医科大学海源学院本科临床医学专业《中医学基础》课程教学任务。每年承担昆明医科大学MBBS专业《TCM中医(traditionalChinesemedicine)》课程教学任务。承担昆明卫生职业学院、保山中医药高等专科学校等临床实习教学点实习带教工作。对外交流合作：中医科自1998年8月起，先后派出多位医生到德国交流合作，与德国医生共同进行针刺镇痛治疗与研究，至今与德国一直保持对外交流合作。按国家援外医疗政策方针，先后外派两名医师至非洲乌干达执行援非医疗任务，运用中医治疗方法圆满完成工作的同时，其中1人获乌干达颁发援非医疗杰出贡献奖。承担昆明医科大学外国留学生的中医针灸带教工作，曾有德国、美国、芬兰、奥地利、新加坡、日本、柬埔寨、以色列和西班牙等多国医学生来中医科进行实践学习。