甘肃省第二人民医院神经外科(神经疾病中心)，创建于1989年，目前有主任医师2名，副主任医师2名，主治医师2名，其中硕士研究生导师3名。
拥有立体定向仪、神经内镜、超声手术吸引器（CUSA）、有创及无创颅内压监测仪、手术显微镜、磁刺激仪、亚低温治疗仪、多功能呼吸机、多功能床旁及中央监护系统等高端设备。
神经外科是集科研、教学、医疗、康复、预防、保健等为一体的院内重点科室，在科室与华西医院神经外科、兰大二院神经外科建立了专科联盟，同时亦为甘肃省认知障碍联盟成员单位。
目前开展的诊疗工作：
1.脑血管疾病：短暂性脑缺血发作、脑梗死、脑出血、蛛网膜下腔出血、颅内静脉窦血栓及脑血管畸形。
2.颅脑损伤：硬膜外血肿、硬膜下血肿、脑挫裂伤、脑内血肿、颅骨骨折等各种类型颅脑损伤的保守及手术治疗。
3.神经系统肿瘤：颅内胶质瘤、转移瘤、脑膜瘤、垂体瘤、听神经瘤及椎管内神经纤维瘤等良恶性肿瘤的保守及手术治疗。
4.中枢神经系统感染：病毒性、细菌性、结核性、真菌性颅内感染及脑内寄生虫疾病等。
5.癫痫：诊断、药物治疗以及手术治疗。
6.脑积水：诊断及手术治疗。
7.头痛：偏头痛、紧张性头痛及其他类型头痛。
8.痴呆：及其他神经系统变性疾病。
9.周围神经疾病：三叉神经痛、面肌痉挛的药物及手术治疗。特发性面神经麻痹、单神经病及神经痛、吉兰-巴雷综合症等。
10.中枢神经系统脱髓鞘疾病。
11.运动障碍疾病：帕金森病、肝豆状核变性、特发性震颤、抽动秽语综合征及其他运动障碍疾病。
12.肌肉疾病：进行性肌营养不良、周期性瘫痪、多发性肌炎等。
【目前主要开展技术】
1.癫痫外科手术治疗，采用国际上先进的皮层脑电或深部电极脑电技术，更加准确定位致痫灶，应用热凝毁损术及病灶切除术，取得很好的效果。
2.脑血管内介入治疗技术，针对新发脑梗死的动脉溶栓、取栓术，针对脑动脉瘤、动静脉畸形的血管内栓塞治疗，针对颈部及颅内血管狭窄的颈动脉及颅内动脉支架置入术，改善脑部供血，缓解脑缺血症状。
3.高血压脑出血采用神经内镜下血肿清除治疗，病人损伤小、手术时间段，手术效果明显提高。
4.针对颅内深部较小病变，可以在立体定向仪下活检，明确病理性质，指导进一步的治疗方案。
5.帕金森病人口服药物效果不好时，可以通过立体定向下植入刺激器进行脑深部核团电刺激治疗。精神病人通过立体定向下特定核团毁损治疗，目前良好的手术效果已经得到充分的肯定。