陕西中医药大学第二附属医院消化内科始建于2003年，是陕西省中医药管理局重点专科、重点学科，陕西省消化道早癌筛查基地，陕西省中医药管理局消化系统疾病中医药防治重点研究室科研平台，同时也是国家药物临床试验专科和国家级中医住培重点科室。

科室人才梯队合理，现有人员55人，其中医生24人，护理30人，其中包括国家级名老医师1名、博导3名、硕导5名、主任医师10名、副主任医师4名、主治医师5名，有陕西省卫教文体系统“五一"巾帼标兵1名、陕西省“三八红旗手”1名、咸阳市三五人才1名、咸阳市秦都区拔尖人才1名。

科室设有秦都、西咸两个病区、两个内镜中心，开放床位72张。科室设肝病、胆胰疾病、消化道肿瘤防治、功能性胃肠病及胃肠动力研究、炎症性肠病及小肠疾病五个亚专业方向，设有消化病门诊、肝病门诊、便秘门诊。内镜中心配OLYMPUS-290内窥镜主机系统、电子胃肠镜、胶囊内镜、十二指肠镜、超声内镜，同时配备C形臂X射线机、电外科工作站、高频电刀等先进设备。可开展灸法、罐法、结肠途径治疗仪中药结肠滴注、贴敷、中药塌渍、针刺五大类十余种中医外治技术。同时开展营养、心理、胃肠动力等多维度综合评估，为患者制定个体化康复方案与饮食指导。