深圳市儿童医院内科门诊位于医院A楼3楼，自开院后就已成立，随着医院的壮大，科室也不断完善壮大。目前分为内科综合门诊和内科专科门诊。

内科门诊由高年资主治医师及副主任、主任医师出诊，都是工作10年以上具有丰富的临床经验的儿内科医师。内科综合门诊主要针对儿科常见病，多发病，感染性疾病和儿科疑难杂症的诊治；内科专科门诊分为：呼吸专科、消化专科、新生儿专科、血液专科、肾内科、风湿免疫专科、神经专科、心血管专科、遗传代谢专科。各专科都是由熟悉掌握本专科知识的高年资医师出诊。