华中科技大学协和深圳医院儿科创立于1993年，经历了30年的磨砺，通过在医疗、教学、科研方面的努力与探索，已成为深圳西部和南山区实力最强的儿童医学中心。随着时间的推移，儿科不断发展壮大，医疗水平不断提高，技术水平日益精湛。
儿科现有专业技术人员40人（主任医师4人，副主任医师19人，主治医师15人，住院医师2人；硕士研究生14人，博士研究1人），儿科核定床位88张，实际开放床位115张，平均年门诊量达12余万人次，平均年出院人次3000余人次。
儿科专业设置较完备，现有小儿呼吸，小儿消化，小儿保健、小儿生长发育及内分泌、小儿感染，小儿神经康复，NICU、PICU、儿科门诊及急诊等专业，目前致力于提高儿童危重症及疑难杂症的诊治水平。
儿科于2019年10月开展儿科纤维支气管镜检查及治疗技术，现儿科纤维支气管镜技术儿科有技术人员2名，为儿科呼吸系统疾病提供诊断及治疗，目前致力于继续提升儿童纤维支气管镜的诊断及治疗水平，增加诊治病例数量（年手术量>100例纤维支气管镜检查及治疗）。
小儿哮喘是儿科优势专业，设有儿童哮喘标准化门诊（中华医学会儿科分会呼吸学组哮喘协作组），并与耳鼻喉科及过敏反应科联合，加快儿童哮喘的进一步发展，现为广东省儿科呼吸联盟常务理事单位、深圳市儿童哮喘防治联盟成员单位。积极开展儿童保健、生长发育评价及神经康复。