西安医学院第二附属医院眼科是陕西省高等学校优势学科、陕西省保健学会防盲专业委员会主任委员单位、国家光明中心项目合作单位、陕西省眼科疾病临床医学研究中心、陕西省眼科疾病临床医学研究分中心、中国微循环学会眼微循环专委会青光眼学组副组长单位、国家光明在县项目陕西合作单位、西安市眼-脑神经相关疾病防治重点实验室、西安市眼科学与视觉科学国际科技合作基地。眼科设有青光眼白内障、眼底病、眼眶整形、角膜病、眼视光等眼科临床亚专业组。本专科以省优势学科、西安市重点实验室及陕西防盲专业委员会主委单位为基础，充分发挥眼科优势，有计划地发展有潜力的亚学科，逐步建立一个集临床诊疗、科学研究、亚专科培训、公共教育、社区筛查、康复训练为一体的眼科诊治中心。