真菌性鼻窦炎的发病机制不完全清楚，目前认为真菌性鼻窦炎的易感因素包括：1、局部因素，各种因素所致的鼻腔、鼻窦通气引流受阻，导致黏膜肿胀、窦口阻塞、黏膜传输功能下降、窦腔通气减少、pH降低，有利于真菌生长。2、全身性因素，包括机体免疫力下降和变态反应体质。3、环境因素，包括气候及生活环境，如长期经常性从事接触土壤、花盆及家禽的工作人员易罹患。

慢性侵袭性真菌性鼻窦炎，也称为肉芽肿性侵袭性真菌性鼻窦炎，特点是具有缓慢进行性的组织侵犯。定义为病程大于4周、病情进展缓慢的侵袭性真菌性鼻窦炎。其特点是真菌感染多限制在一个鼻窦腔内，缓慢进行性向邻近的鼻腔、鼻窦及周围结构侵犯，病程至少4周以上，可达数年，多发生于可影响机体免疫功能的全身疾病。

变应性真菌性鼻窦炎，是真菌作为抗原与特应性个体的鼻窦黏膜接触后，引起的变态反应性疾病。变应性真菌性鼻窦炎患者多有变态反应性疾病史，长期反复发作的鼻窦炎或鼻息肉史，可伴哮喘，一般累及一侧多个鼻窦。临床表现相似于慢性鼻窦炎或鼻息肉，多发于额窦、筛窦和上颌窦。变应性真菌性鼻窦炎的确诊需依据组织病理学检查。

急性侵袭性真菌性鼻窦炎患者，免疫功能严重低下或不可恢复。急性侵袭性真菌性鼻窦炎起病急骤，进展快，向周围组织侵犯迅速，数小时到数天就可波及鼻腔外侧，遍布上颌窦，累及面部、眼眶、硬腭和颅内，经血液循环侵犯肝、脾、肺等脏器。病死率极高。早期症状有发热、眶周面颊部肿胀及疼痛，严重者出现剧烈头痛、视力下降等。其他的临床表现有剧烈头痛、发热无力、眶周和面部肿胀、眼球突出等。