西南医科大学附属医院肝胆外科成立于1989年，目前为四川省医学重点学科，硕士研究生培养点，四川省普通外科规培医师/专科医师培训基地，中国医师协会腹腔镜外科医师培训基地。科室常规编制病床110张，年诊治门诊肝胆胰外科病员近3万例，年收治专科病人近4000例，专科手术3500余例。2017年被评为泸州市院士（专家)工作站。
同年建立院士工作站实验室，2018年被评为四川省院士（专家）工作站，2018年11月被中国科学家协会评为模范院士（专家）工作站，2020年7月科室被授与全国肝胆外科ERAS标准病房。是我国西南地区具有较大影响力的临床科室。
肝胆外科现有医师24人、护理人员35人，专职实验人员4人。其中博士12人（留学归国博士4人）、硕士14人。教授6人，副教授4人，硕士生导师8人。多名科室成员先后赴德国、日本等国际知名院校及国内顶级医院进修、学习。科室拥有二级教授，国务院政府津贴专家、四川省有突出贡献的优秀专家、国际肝胆胰协会中国分会委员，国际肝胆胰协会中国分会肝血管瘤专委会委员。
中国抗癌协会肿瘤支持治疗委员会委员，省抗癌协会胰腺癌/胃癌/肝癌等专委会副主任委员，四川省医师协会胰腺病专委会副会长，中华医学会四川省外科专委会委员，四川省外科专委会腔镜学组副组长，四川省外科专委会川南肝胆外科协作组组长及副组长等多位国内知名专家，多人担任国内外权威杂志编委或审稿专家，已形成一支高素质、高水准的专业技术/学术队伍。
科室在肝胆胰外科疾病方面的治疗在西南地区有较大的影响力。目前科室拥有电子胆道镜，高清/3D腹腔镜、液电碎石仪、微波治疗仪、电外科工作站、荧光分子术中导航系统等大型先进医疗设备。2004年参与西南医科大学附属医院联体婴儿分离手术，在国内外获得巨大反响；2007年成功开展临床肝脏移植手术，为终末期肝病患者带来希望。
科室常规开展包括复杂胆道手术，胰十二指肠切除术、三肝叶/半肝切除术、肝门胆管癌根治术、全胰切除术等大型、高难度肝胆胰外科手术。科室常规开展胆道镜检取石、微波瘤瘤消融术。科室有两名专职介入医师作肝脏肿瘤的介入手术治疗。科室对抢救包括多器官功能衰竭、全身严重多发伤、上消化道大出血、急性重症胰腺炎、DIC、各类败血症、高位肠瘘等危急重症患者积累了丰富的临床经验，救治成功率达到国内先进水平。
科室高度重视微创技术人才的培养，作为“中国医师协会腹腔镜外科医师培训基地”，不仅常规开展各类肝胆胰脾腹腔镜微创手术，还承担了面向全国的微创手术医师的培训工作，已为全国各级医院培养微创技术人才80余名，在西南地区有着较大的影响力。
近年来，科室高度重视微创技术的发展，派出多名医师到全国顶级医院进修学习微创技术，已形成了一支配合熟练的微创手术团队。目前，科室常规开展腹腔镜胆囊切除术、腹腔镜腹部肿瘤切除术、腹腔镜脾切除/门奇断流术、腹腔镜胆道探查取石术、腹腔镜胆道探查/胆管一期缝合术、腹腔镜肝叶/半肝切除术、腹腔镜胆总管囊肿切除术、腹腔镜肝门胆管癌根治术、腹腔镜胰十二指肠切除术等微创手术。
学术研究方面，科室形成了良好的科研传统和学术意识，目前有三个固定的研究方向：1、胆石病的基础与临床研究；2、肝癌诊治与耐药性研究；3、胰腺癌诊断与治疗。建科以来科室承担包括国家自然基金在内的科研课题90余项，发表专业学术论文近500篇，其中SCI论文80余篇。获省政府科技进步奖在内的各级科技进步奖20余项。主编、副主编专著9部。在建立院士工作站实验室以来，科室的科研能力和科研水平都有明显的提高。
目前已和德国杜伊斯堡-埃森大学医学中心，日本横滨大学昭和医院，中国科学院分子影像研究所、华中科技大学同济医学院等国内外知名医学中心建立了长期合作关系。
科室高度重视教学工作，学科师资力量雄厚，积极参与教学改革，在临床本科外科实习教学中，率先开展PBL教学，在2018年教育部临床专业认证中，受到教育部专家的高度认可。多人获厅、市、院校级等各级优秀教育工作者、优秀教师、骨干教师等称号。
目前承担了西南医科大学附属医院本科，研究生，规培生及留学生等各个专业、各个层次的理论课及临床实习的教学工作。多名科室人员获教学竞赛优秀奖励，有两人分别获得西南医科大学“金教鞭”及“金教鞭之星”奖。作为“泸州医学院”附属医院外科学第一个硕士培养点，目前已培养硕士研究生150余名，其中有20余名研究生在完成硕士学位后继续攻读博士学位，为促进西南地区的医学人才培养做出了积极的贡献。
科室坚持医院所倡导的“以病人为中心，全心全意为群众服务”的宗旨。多名科室成员获得“十佳医生”，“十佳护士”等光荣称号，科室也先后获得卫生部整体护理协作网试点病房、全国巾帼文明岗、卫生部优质护理先进病房、四川省文明服务示范窗口，泸州市卫生系统行风建设示范科室等多个荣誉表彰，是让患者能在治疗上放心，在廉洁上放心，在服务上放心的优秀临床科室。
“长风破浪会有时，直挂云帆济沧海”，肝胆外科一路走来，在医院领导的关心、人民群众的支持下，逐渐发展壮大，而肝胆外科的全体成员也将继续以增强西南地区肝胆胰疾病诊治水平为己任，以提高广大人民群众健康水平为使命，脚踏实地，既往开来，不忘初心，奋力前行。