西南医科大学附属医院呼吸与危重症医学科，其前身为上个世纪70年代成立的内科二组，1990年，医院组建大内科的各二级科室，内科二组更名为呼吸内科，2006年科室建立了炎症与变态反应实验室，2012年因学科发展的需要，医院将呼吸内科分为呼吸内一科和呼吸内二科，2013年成立变态反应科，挂靠在呼吸内一科，炎症与变态反应实验室划归呼吸内一科管理。
2017年为了顺应呼吸与危重症捆绑式发展，呼吸内一科和呼吸内二科分别更名为呼吸与危重症医学一科·变态反应科、呼吸与危重症医学二科。2020年医院将两科整合为呼吸与危重症医学科，下设呼吸一组、呼吸二组、呼吸三组。变态反应实验室由呼吸与危重症医学科与临床研究中心双重管理。
呼吸学科于1995年获批硕士研究生招生资格，2005年获批四川省卫生厅乙级重点学科，2008年获批为国家药物临床试验机构呼吸专业组，2014年获批为国家住院医师规范化培训基地呼吸学科，2015年获批为四川省呼吸专科医师培训基地，2016年获批为为四川省甲级重点学科，2019年获评四川省医学重点学科科技影响力评价“呼吸病学专业”综合排名第二名，并顺利通过国家呼吸与危重症医学科（PCCM科）规范化建设项目专家现场评审，评定为三级医院优秀单位。
炎症与变态反应实验室2018年获批为四川省甲级重点实验室，变态反应学科进入中国医学科学院2018年、2019年度“中国医院科技量值”全国排名前百强；复旦版“中国医院专科声誉综合排行榜”西南地区前十名。此外，科室还是国家呼吸医学中心·中日医院呼吸专科医联体危重症协作组成员单位，全国呼吸与危重症专科护理联盟成员单位，中国肺康复护理联盟委员单位。
科室现有编制床位170张，设有呼吸危重症监护病房(RICU)、呼吸内镜诊疗室(包括支气管镜室、胸腔镜室、气道超声内镜室)、肺功能检查室、呼出气一氧化氮检测室、呼吸变态反应疾病诊疗室、睡眠呼吸障碍疾病监测室、炎症与变态反应疾病科研实验室。配有德国耶格肺功能仪、日本Olympus电子支气管镜、内科胸腔镜、气道超声内镜、硬质支气管镜、德国高频电刀及冷冻治疗仪、美国无创和有创呼吸机、体外排痰机、心电监护仪、睡眠监测仪等先进诊疗设备。
一、学术队伍：
科室现有医、护人员130多人。其中，高级职称16人，中级职称26人，博士13人，硕士46人，国外留学人员5人，研究生导师14人，四川省学术和技术带头人2人、后备人选2人，在中华医学会、医师协会、省医学会、医师协会、康复医学会、预防医学会、中西医结合学会等所属的呼吸专委会任职副主任委员及常委4人，委员8人。另有特聘教授2人。基本形成了高素质、高学位、结构合理、在省内外有重要影响的学术队伍。
二、医疗工作：
科室自上世纪70年代末80年代初先后开展了纤维支气管镜检查技术、经皮肺部包块穿刺术、经皮穿刺置管引流肺脓肿、小导管置管引流胸腔积液和气胸、肺功能检查。80年代末开展了机械通气救治呼吸衰竭患者。自90年代以来，除开展呼吸内科常规诊疗技术外，先后开展了一系列特色诊疗技术。
如经支气管镜冷冻、氩气刀、球囊扩张及气道内支架植入术治疗良、恶性气道肿瘤及气道狭窄性疾病、大容量肺灌洗治疗尘肺病、内科胸腔镜诊断胸膜疾病、呼吸变态反应疾病的诊断及脱敏治疗、气道超声支气管镜诊断纵隔及肺部疾病、经硬质支气管镜取异物、呼出气一氧化氮测定诊断气道炎症性疾病、微波消融治疗肺癌、睡眠呼吸障碍监测、循环肿瘤细胞检测、血管介入、冷冻肺活检等20多项特色诊疗技术。
三、教学工作：
1978年开始承担本科教学，1995年开始承担研究生教学工作，2008年开始承担留学生教学。截至2019年，培养研究生300多人，留学生120多人，联合培养博士5名。2014年开始承担国家住院医师、护士规范化培训教学，截至2019年，培养规培医生、护士共计600多人。2015年获批为四川省呼吸专科医师培训基地，已培养专科医师12人。
四、科研工作：
科室设有炎症与变态反应疾病科研实验室，有专职科研人员10人，承担国家级、省部级、市厅级自然基金课题及药物临床试验课题60多项，获省政府科研成果二等奖1项、三等奖2项，市科研成果二、三等奖3项，省医学科技三等奖1项。发表论文200余篇，其中SCI论文20余篇。主编、参编专著10部。2019年获得四川省医学重点学科（专科）科技影响力评价“呼吸病学专业”综合排名第2名。
主要诊治病种：
1．呼吸变态反应疾病：支气管哮喘、嗜酸性细胞支气管炎、变态反应性肺泡炎等。
2．气道和肺部炎症性疾病：慢性支气管炎、慢性阻塞性肺疾病，急、慢性呼吸衰竭等。
3．肺部感染性疾病：肺炎、肺脓肿、支气管扩张等。
4．呼吸系统肿瘤：肺癌、肺部良性肿瘤。
5.心血管疾病：慢性肺源性心脏病、肺栓塞。
6．胸膜疾病：结核性胸膜炎、细菌性胸膜炎、恶性胸腔积液、自发性气胸。
7．肺间质性疾病：肺间质纤维化、尘肺等职业性肺病等。
8．上呼吸道疾病：急、慢性上呼吸道感染等。
9．其他：不明原因的慢性咳嗽、咯血、呼吸困难、睡眠呼吸暂停低通气综合症等。